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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于转录组文献中的不解
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伸手触梦

银虫 (正式写手)

[求助] 关于转录组文献中的不解 已有1人参与

看文献有这么一句“The expression levels were measured using uniquely mapped read pairs. The number of clean reads or fragments of read pairs-end mapped to each annotated unigene was calculated and then normalized to FPKM (Fragments Per Kilobase of gene per Million mapped fragments) metric."不清楚里面几个名词，1、read pairs是指什么，和reads有什么区别？2、clean reads又是什么？3、read pairs-end 。如果可以能帮我翻译下这句话吗？本人将不甚感激！！
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1楼 2014-08-26 16:34:49
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伸手触梦

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ncuduhan at 2014-08-26 20:03:38
测序时每次测得高质量片断只有500-600个碱基左右，一次测量称为一个read，将测得的序列进行overlap匹配，称为read pair。
现在的高通量测序，一般分为单端测序（single-end read）和双端测序（paired-end reads）。 ...

多谢大侠指点，可否再给我讲解下你对FPKM的理解呢
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3楼2014-08-27 09:06:38
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ncuduhan

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
伸手触梦(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-26 21:09:57
测序时每次测得高质量片断只有500-600个碱基左右，一次测量称为一个read，将测得的序列进行overlap匹配，称为read pair。
现在的高通量测序，一般分为单端测序（single-end read）和双端测序（paired-end reads）。
clean reads就是处理原始数据，得到的待分析的数据。
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2楼2014-08-26 20:03:38
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