24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 558  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

伸手触梦

银虫 (正式写手)

[求助] 关于转录组文献中的不解已有1人参与

看文献有这么一句“The expression levels were measured using uniquely mapped read pairs. The number of clean reads or fragments of read pairs-end mapped to each annotated unigene was calculated and then normalized to FPKM (Fragments Per Kilobase of gene per Million mapped fragments) metric."不清楚里面几个名词,1、read pairs是指什么,和reads有什么区别?2、clean reads又是什么?3、read pairs-end 。如果可以能帮我翻译下这句话吗?本人将不甚感激!!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伸手触梦

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ncuduhan at 2014-08-26 20:03:38
测序时每次测得高质量片断只有500-600个碱基左右,一次测量称为一个read,将测得的序列进行overlap匹配,称为read pair。
现在的高通量测序,一般分为单端测序(single-end read)和双端测序(paired-end reads)。 ...

多谢大侠指点,可否再给我讲解下你对FPKM的理解呢
3楼2014-08-27 09:06:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

ncuduhan

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
伸手触梦(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-26 21:09:57
测序时每次测得高质量片断只有500-600个碱基左右,一次测量称为一个read,将测得的序列进行overlap匹配,称为read pair。
现在的高通量测序,一般分为单端测序(single-end read)和双端测序(paired-end reads)。
clean reads就是处理原始数据,得到的待分析的数据。
2楼2014-08-26 20:03:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见