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lao7金虫 (正式写手)
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DNA碱基和苯环类结构对接优化出错？ 已有1人参与
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在用DNA和苯环结构进行分子对接，根据文献报道，苯环应该插入到DNA内碱基间，和上下碱基平行。起先用Autodock对接，但只能把苯环对接到DNA沟槽中，而不是碱基之间，后来改用手动在chemoffice3D里对接，插入到DNA碱基之间后，运行ORCA进行结构的优化，但总是报错（代码：16384），根据已往经验，这个代码是初始结构不合理，只要移动一下两分子之间距离即可，但碱基之间空间有限，移动距离显然余地太小？请问以前做过类似实验的朋友，遇到这种情况如何处理，以保证后续的结构优化能够顺利进行？ （PS：加大循环步到500也不行） 谢谢！~ |
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2楼2014-10-01 07:40:00