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lao7金虫 (正式写手)
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DNA碱基和苯环类结构对接优化出错? 已有1人参与
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在用DNA和苯环结构进行分子对接,根据文献报道,苯环应该插入到DNA内碱基间,和上下碱基平行。起先用Autodock对接,但只能把苯环对接到DNA沟槽中,而不是碱基之间,后来改用手动在chemoffice3D里对接,插入到DNA碱基之间后,运行ORCA进行结构的优化,但总是报错(代码:16384),根据已往经验,这个代码是初始结构不合理,只要移动一下两分子之间距离即可,但碱基之间空间有限,移动距离显然余地太小?请问以前做过类似实验的朋友,遇到这种情况如何处理,以保证后续的结构优化能够顺利进行? (PS:加大循环步到500也不行) 谢谢!~ |
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2楼2014-10-01 07:40:00













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