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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » ChemOffice » chem 3D中如何知道分子的直径或者体积
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平_原

铁杆木虫 (小有名气)

旷古幽人

[求助] chem 3D中如何知道分子的直径或者体积 已有1人参与

首先楼楼安装的是chemoffice2004的版本。

然后画出了As2O5的球棒模型，如附件所示：

第一：楼楼如何能知道这个分子的直径或者体积呢？

第二：在看键长或者键角的时候，需不需要先进行能量最小化的运行？

第三：As2O5中没有氢，为什么会出来氢或者说是氢键呢？

第四：MM2能量最小化运行后出来的那些粉色的棒棒又是什么的？

楼楼属于最低级别的菜鸟，希望大虾们指点。

chem 3D中如何知道分子的直径或者体积
1.png


chem 3D中如何知道分子的直径或者体积-1
2.png
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迷糊之心平淡如水，幸福就是随遇而安
1楼 2014-08-20 16:31:45
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平_原

铁杆木虫 (小有名气)

旷古幽人
引用回帖:
5楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-21 15:23:45
不是同一类东西。MM2是力场，Gamess、Gaussian、MOPAC是程序。如果你对结构精度要求的不是特别高，就用MM2，这是chem3D能够直接做的。Gamess、Gaussian、MOPAC都是第三方量子化学程序，chem3D只不过提供了一个生成 ...

大神，再请问一下自动加上去的氢应该如何进行删除呢？
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迷糊之心平淡如水，幸福就是随遇而安
7楼2014-08-27 16:03:31
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2014-08-21 04:16:02
平_原: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 感谢应助 2014-08-21 16:18:59
1 参见
谈谈分子体积的计算
http://hi.baidu.com/sobereva/item/2707923863a0fd5b80f1a7df
谈谈分子半径的定义和计算方法
http://hi.baidu.com/sobereva/item/3c9a79cac80a397588ad9e6e

2 需要

3 如果程序自动加了氢，应删掉。

4 孤对电子
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2楼2014-08-20 17:17:33
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平_原

铁杆木虫 (小有名气)

旷古幽人
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-20 17:17:33
1 参见
谈谈分子体积的计算
http://hi.baidu.com/sobereva/item/2707923863a0fd5b80f1a7df
谈谈分子半径的定义和计算方法
http://hi.baidu.com/sobereva/item/3c9a79cac80a397588ad9e6e

2 需要

3 如果程序 ...

那再咨询一下，chem 3D能量最小化有几种方式，MM2、Gamess、Gaussian、Mechanics、MOPAC用哪个呢？
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迷糊之心平淡如水，幸福就是随遇而安
3楼2014-08-21 08:44:36
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
3楼: Originally posted by 平_原 at 2014-08-21 08:44:36
那再咨询一下，chem 3D能量最小化有几种方式，MM2、Gamess、Gaussian、Mechanics、MOPAC用哪个呢？...

不是同一类东西。MM2是力场，Gamess、Gaussian、MOPAC是程序。如果你对结构精度要求的不是特别高，就用MM2，这是chem3D能够直接做的。Gamess、Gaussian、MOPAC都是第三方量子化学程序，chem3D只不过提供了一个生成它们输入文件的界面而已，利用它们可以在比起MM2更高级别（半经验、从头算）下做优化。
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5楼2014-08-21 15:23:45
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