我同意6楼观点。
我的全部稿件都是一个格式,返修稿件也有Cover letter,里面首先是感谢编辑和审稿人的客气话,然后说自己已经按照意见修改,详细的修改见response to reviewer. 也就是说Cover letter和response to reviewer是两个单独的文件。当然我也见过很多人就把response to reviewer直接跟在Cover letter后面放在同一个文件里面的。
另外,也有一部分作者在返修稿件时就不提供Cover letter,只提供response to reviewer,但是这种情况在response to reviewer的开头还是会有一些感谢的话和自己已经按照意见修改,详细的修改如下等说明。