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letianhan

木虫 (著名写手)

[求助] 关于wien2k软件安装和配置问题请教各位高手!

单机配置:i5-4570 处理器一个 (四核四线程),8G内存,集成显卡,不联网,只有本人自己使用。
想用wien2k 来研究材料的掺杂问题,处理的体系在100个原子左右。
关于安装和软件编译有以下几个问题搞不清楚:

1.  台式机的系统目前是Ubuntu 12.04 个人桌面版,是否可以顺利安装wien2k?非得要改成服务器正式版吗??若要改的话,如何操作可将Ubuntu 12.04  个人桌面版换成服务器正式版 ?请有经验的高手告之。

2.  关于串行计算?还是k点并行?还是mpi并行?WIEN2k- hardware/software官方指南2013年有如下资料:
 Intel I7 quad (six)-core processors with fast memory bus (1.5-3Gb/core, Gbit-network, SATA disks).
with a few such PCs you have a quite powerful cluster (k-parallel)
60 - 100 atom / cell, requires 2-4 Gb RAM
k-point Parallelization:
mpi-parallelization:for bigger cases (> 50 atoms) and more than 4 cores
我想研究的体系大于50个原子,请问单机(一个cpu,4core+8G)是串行计算还是并行计算,若是并行,是k并行还是mpi并行?考虑到计算效率。

3.  软件编译里面有:configure Parallel execution
Shared Memory Architecture? (y/n):请问这个是什么意思?单机里面有两个或多个cpu算是这种结构吗??本人的单机只有一颗,那这里应该是n?
Remote shell (default is ssh) =
Do you have MPI and Scalapack installed and intend to run
finegrained parallel? (This is usefull only for BIG cases)!
(y/n)
从这可以看出,单机是不需要远程登录的?考虑到计算效率的话,单机是否也可本地登录?
4.  若确定是并行计算,考虑到本人的具体配置,请问.machines 文件如何书写?

请各位高手不吝赐教!
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letianhan

木虫 (著名写手)

送红花一朵
都看过这些帖子。硬件不同,以前的台式就一个单核的cpu,我装成功过,是串行计算。现在的cpu是多核的,我就不清楚还是串行计算,但cpu是否完全工作,效率高低如何不清楚。单机多核的cup可否用于并行,并行与串行的计算效率高低比较如何?很多帖子都是关于cluster的安装,这里我的是单机,与之不同。
2楼2014-08-06 19:23:37
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
2楼: Originally posted by letianhan at 2014-08-06 19:23:37
都看过这些帖子。硬件不同,以前的台式就一个单核的cpu,我装成功过,是串行计算。现在的cpu是多核的,我就不清楚还是串行计算,但cpu是否完全工作,效率高低如何不清楚。单机多核的cup可否用于并行,并行与串行的计 ...

gnu的编译器我没尝试过,ubuntu采用ifort倒是比较麻烦,需要修改shell,但可以尝试一下。以前在自己RHEL系统服务器上编译成功了。编译WIEN2K不要用FFTW3,我自己用的是2.1.5的,目前版本的WIEN2K我情况不明。安装过程每一步都有提示,应该比较简单,如果要多核心并行,MPI部分的选项为y。

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不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
3楼2014-08-06 20:03:55
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letianhan

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-06 20:03:55
gnu的编译器我没尝试过,ubuntu采用ifort倒是比较麻烦,需要修改shell,但可以尝试一下。以前在自己RHEL系统服务器上编译成功了。编译WIEN2K不要用FFTW3,我自己用的是2.1.5的,目前版本的WIEN2K我情况不明。安装过 ...

请问你的服务器是单机运行吗?还是连着很多个计算节点?对于安装wien2k,多核心的单机单cpu的机子是可以并行吗?还是不能并行?谢谢!!
4楼2014-08-06 20:12:04
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
4楼: Originally posted by letianhan at 2014-08-06 20:12:04
请问你的服务器是单机运行吗?还是连着很多个计算节点?对于安装wien2k,多核心的单机单cpu的机子是可以并行吗?还是不能并行?谢谢!!...

我自己的小服务器,单机的。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
5楼2014-08-06 20:41:45
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
letianhan: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-08-06 21:07:20
letianhan: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-08-08 15:14:59
1. 可以装,不用换系统。
2 k点并行即可。
3 这种并行和CPU数没有关系,看核数就可以了。Shared Memory是所有处理器使用同一片内存,单机是y。远程登录无可见性能损失。
4 节点名写localhost,其他照范例即可。

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6楼2014-08-06 20:50:35
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letianhan

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-08-06 20:50:35
1. 可以装,不用换系统。
2 k点并行即可。
3 这种并行和CPU数没有关系,看核数就可以了。Shared Memory是所有处理器使用同一片内存,单机是y。远程登录无可见性能损失。
4 节点名写localhost,其他照范例即可。

第二点 K点并行即可。若处理体系在100个原子左右的话,K点并行与mpi并行的区别在哪里?从计算效率看的话,选哪种计算好些?官方指出对大于50个原子的体系建议mpi并行,不过硬件可能是集群。考虑的单机,mpi并行是不是没有必要?对于同一个体系(假设100个原子),单机k并行和单机mpi并行,所花时间是不是差不多?还是差很多?哪种快些?谢谢!
7楼2014-08-06 21:13:47
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letianhan

木虫 (著名写手)

我以前在单核cpu的单机上装成功过wien2k,用的是串行计算。
现在硬件升级后,多核cpu用串行配置的话,是不是工作时只启动一个核,其余的核不工作?还是所有的核也工作,毕竟是单机,不是集群。请问是这样吗??
8楼2014-08-07 08:36:23
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letianhan

木虫 (著名写手)

官网上面的资料:(参考cpu: i7-3930K是六核12线程的)

Serial benchmark: NMAT=3481, complex
Intel Core i7-3930K 3.20GHz       36 sec    composerxe-2013.4.183 (1 job with 1 thread)
Intel Core i7-3930K 3.20GHz       23 sec    composerxe-203.4.1831 (1 job with 2 thread)
Intel Core i7-3930K 3.20GHz       16 sec    composerxe-2013.4.183 (1 job with 4 thread)
Intel Core i7-3930K 3.20GHz       14 sec    composerxe-2013.4.183 (1 job with 6 thread)

Serial benchmark with parallel jobs (Tests the "real" performance under full load with a "k-parallel" job): NMAT=3481, complex

Intel Core i7-3930K 3.20GHz    composerxe-2013.4.183 (1 thread)
1 job: 37 sec;    2 jobs: 38 sec;   4 jobs: 47 sec;   6 jobs: 49 sec

Intel Core i7-3930K 3.20GHz    composerxe-2013.4.183 (2 threads)
1 job: 23 sec;    3 jobs: 39 sec;   6 jobs: 50 sec      
  
看以上数据的话,单cpu i7-3930K串行和并行都可以?串行计算数据里面Intel Core i7-3930K 3.20GHz       14 sec    composerxe-2013.4.183 (1 job with 6 thread)
是如何实现的?只要设置成串行就可以啦吗??
9楼2014-08-07 11:13:09
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