24小时热门版块排行榜    

查看: 962  |  回复: 13
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

bomeijuan

银虫 (小有名气)

[交流] 细菌基因组DNA提取,大家快来帮我啊

大家快来帮我吧。我是用TIANGEN的细菌基因组DNA提取试剂盒提取的猪的肠道微生物,严格按照操作步骤提取的,提完后测了浓度是100ng/ul左右,后来跑了个0.8%的琼脂糖凝胶电泳。条带很弥散。
查了资料说这样的情况是由于DNA降解了,但是我是溶菌酶也加了,RNA酶也加了,而且配制溶菌酶的缓冲液里面有EDTA,应该能螯合阳离子,从而阻止DNA活性才是啊,DNA还那么容易降解吗?很不明白原因出在哪里,大家快来帮我吧,我都整晕了!
DNA图片如下,1KB的marker,电泳时间1个小时,估计电泳槽为20cm左右,所以电压打到90v。
http://freep.cn/p.aspx?u=v20__p_0804091346165168_0.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bomeijuan

银虫 (小有名气)

可是我们实验室都是这么做的,大家都能做出来,但是我这样的问题大家却解决不了。
请教一个虫友,她做的跟我差不多,就是实验动物不一样,她说用手工提了两个月没有好的效果,改用试剂盒效果就比较好了,她也是用AXYGEN的。
我的PCR是用细菌通用18S引物扩增的V3-V7区,发个别人做出来的图片看下,如下,人家的的都是200bp左右,而且都只是清晰的一条带,这还不是最好的效果,好的效果,目的条带相当清晰。



[ Last edited by bomeijuan on 2008-4-9 at 19:14 ]
5楼2008-04-09 14:25:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

bomeijuan

银虫 (小有名气)

这样的DNA再PCR

我把这次提取的DNA 做了PCR,是按我们实验室的标准程序做的。图片见下,有隐约条带,但是都不是目的条带,目的条带在200bp左右,但是这些条带都在100以下。我用的marker是100bp的。2%的胶。
http://p14.freep.cn/p.aspx?u=v20_p14_p_0804091353409180_0.jpg

[ Last edited by bomeijuan on 2008-4-9 at 13:57 ]
2楼2008-04-09 13:55:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxh8372

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫微笑研究僧

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
提取DNA的问题:

好像还有一些RNA,不知道你提取的后用boiled RNase A处理了多久

还有就是你提取的是肠道微生物,这有很多种类,它们的DNA的大小肯定是大小不一,还有就是你提取的时候也有可能把肠道微生物的质粒也提取了出来,如此说来,就会出现你图里面的情况

建议你用基因组DNA提取的常规方法提取一下,因为不一定试剂盒比常规方法好,而且这样还可以做一对照看

[ Last edited by xxh8372 on 2008-4-9 at 14:10 ]
____/\~~~/\,----(..)/\____//|(\|(^\/___\/\||__||__|-"
3楼2008-04-09 14:08:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxh8372

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫微笑研究僧

引用回帖:
Originally posted by bomeijuan at 2008-4-9 13:55:
我把这次提取的DNA 做了PCR,是按我们实验室的标准程序做的。图片见下,有隐约条带,但是都不是目的条带,目的条带在200bp左右,但是这些条带都在100以下。我用的marker是100bp的。2%的胶。
[url]http://p14.fre ...

不知道你是扩增什么基因,看样子你的图里面都是引物二聚体

像这样从诸多的基因组(很多种微生物的)中扩增一个基因是比较困难的,祝楼主好运
____/\~~~/\,----(..)/\____//|(\|(^\/___\/\||__||__|-"
4楼2008-04-09 14:14:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 7/350 2026-11-06 02:35 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:26 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-06 01:51 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 15/750 2026-11-06 01:51 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 kvewwGtKktqB 2026-11-04 10/500 2026-11-06 01:51 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:42 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-06 01:40 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 11/550 2026-11-06 01:29 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 18/900 2026-11-06 01:29 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 11/550 2026-11-06 01:20 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 PYZmcHr5kSaq 2026-11-05 6/300 2026-11-06 00:01 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-05 23:17 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 13/650 2026-11-05 22:55 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 13/650 2026-11-05 22:44 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见