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bomeijuan

银虫 (小有名气)

[交流] 细菌基因组DNA提取,大家快来帮我啊

大家快来帮我吧。我是用TIANGEN的细菌基因组DNA提取试剂盒提取的猪的肠道微生物,严格按照操作步骤提取的,提完后测了浓度是100ng/ul左右,后来跑了个0.8%的琼脂糖凝胶电泳。条带很弥散。
查了资料说这样的情况是由于DNA降解了,但是我是溶菌酶也加了,RNA酶也加了,而且配制溶菌酶的缓冲液里面有EDTA,应该能螯合阳离子,从而阻止DNA活性才是啊,DNA还那么容易降解吗?很不明白原因出在哪里,大家快来帮我吧,我都整晕了!
DNA图片如下,1KB的marker,电泳时间1个小时,估计电泳槽为20cm左右,所以电压打到90v。
http://freep.cn/p.aspx?u=v20__p_0804091346165168_0.jpg
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bomeijuan

银虫 (小有名气)

我打算把试剂全换了 再看下效果,如果还不行,就放弃了 ,折磨我太久了,别人做起来都得心应手,就我碰到这么多麻烦。
13楼2008-04-10 20:15:07
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bomeijuan

银虫 (小有名气)

这样的DNA再PCR

我把这次提取的DNA 做了PCR,是按我们实验室的标准程序做的。图片见下,有隐约条带,但是都不是目的条带,目的条带在200bp左右,但是这些条带都在100以下。我用的marker是100bp的。2%的胶。
http://p14.freep.cn/p.aspx?u=v20_p14_p_0804091353409180_0.jpg

[ Last edited by bomeijuan on 2008-4-9 at 13:57 ]
2楼2008-04-09 13:55:47
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xxh8372

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫微笑研究僧

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
提取DNA的问题:

好像还有一些RNA,不知道你提取的后用boiled RNase A处理了多久

还有就是你提取的是肠道微生物,这有很多种类,它们的DNA的大小肯定是大小不一,还有就是你提取的时候也有可能把肠道微生物的质粒也提取了出来,如此说来,就会出现你图里面的情况

建议你用基因组DNA提取的常规方法提取一下,因为不一定试剂盒比常规方法好,而且这样还可以做一对照看

[ Last edited by xxh8372 on 2008-4-9 at 14:10 ]
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3楼2008-04-09 14:08:05
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xxh8372

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫微笑研究僧

引用回帖:
Originally posted by bomeijuan at 2008-4-9 13:55:
我把这次提取的DNA 做了PCR,是按我们实验室的标准程序做的。图片见下,有隐约条带,但是都不是目的条带,目的条带在200bp左右,但是这些条带都在100以下。我用的marker是100bp的。2%的胶。
[url]http://p14.fre ...

不知道你是扩增什么基因,看样子你的图里面都是引物二聚体

像这样从诸多的基因组(很多种微生物的)中扩增一个基因是比较困难的,祝楼主好运
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4楼2008-04-09 14:14:11
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