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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 关于芽孢杆菌16S rRNA鉴定的疑问
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zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-08-05 18:42:32
这样的话，最好查阅文献，找到已知的4个种的特异性引物。根据16S序列，可能不够特异。...

4个种的特异性引物是指直接在基因组上P吗？
微生物的基因组之间的差异大嘛?
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11楼2014-08-06 09:42:48
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-06 09:42:48
4个种的特异性引物是指直接在基因组上P吗？
微生物的基因组之间的差异大嘛?...

加点背景：从分类上而言，细菌特定群体（属、种、亚种、血清型、致病变种或者某个种下的某个群体等等）表现为一系列相似的特征，理论上可以用特定的指标将其与其它细菌区分开来。

所谓特异性引物，是根据微生物基因组序列的差异（某个基因或片段）设计引物，电泳检测PCR片段时，只有供试微生物才能出现目的片段，而其它任何近缘、远缘微生物都不能扩增到目的片段。

设计特异性引物，特异是重点。一般先在序列数据库中检测其特异性（如NCBI-Primer BLAST），还要拿近缘物种的扩增结果验证其特异性。当然，适于你的样品的一套程序肯定得建立起来（包括样品处理方法、PCR体系和反应程序等）。这方面的文章很多。

你的问题：“基因组上P？”——PCR体系中，需要模版DNA（微生物特异性PCR，一般需要基因组作模版）。你可能需要提取DNA，或者简单的微生物破壁过程就可以了（破坏细胞壁，释放DNA。如沸水浴）。

“微生物基因组差异”——有很多保守的区域，但有相当一部分区别很大（根据亲缘关系）。具体多大，不同物种相比较，结果是不同的；很难给个准确数值。不同物种进行DNA-DNA杂交，相似度基本<70%。有时，同一种下不同群体之间都会有相当大的差异的。总之，差异是有的。
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做一个阳光、开朗的小和尚
12楼2014-08-06 15:33:16
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zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-08-06 15:33:16
加点背景：从分类上而言，细菌特定群体（属、种、亚种、血清型、致病变种或者某个种下的某个群体等等）表现为一系列相似的特征，理论上可以用特定的指标将其与其它细菌区分开来。

所谓特异性引物，是根据微生物 ...

还有一个疑问
如果一个菌 我在血平板和牛肉膏等几种培养皿上培养出来是黄色
那我可以认为这个菌在自然界生存的状态就是黄色吗
还是不同培养基上的同一个菌生长的颜色会不同？
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13楼2014-08-07 10:10:15
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-07 10:10:15
还有一个疑问
如果一个菌 我在血平板和牛肉膏等几种培养皿上培养出来是黄色
那我可以认为这个菌在自然界生存的状态就是黄色吗
还是不同培养基上的同一个菌生长的颜色会不同？...

不同培养基上同一个菌的菌落颜色、形态都有可能不同。
没坚果细菌在“自然状态下颜色”这个说法。
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做一个阳光、开朗的小和尚
14楼2014-08-07 17:42:41
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sun_681991

银虫 (初入文坛)
请问你做生理生化试验是自己配的培养基还是用试剂盒？？
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我爱香菜!
15楼2015-04-09 13:30:39
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sun_681991

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zoeye at 2014-08-04 15:35:34
我已经知道了具体亚种
如何可以知道鉴定这种亚种特定的16S rRNA引物呢？...

你能把这个人的联系方式给我吗？
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我爱香菜!
16楼2015-04-09 13:33:41
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fishhuying

新虫 (初入文坛)
我现在也遇到相同的问题。要设计16S扩增引物，可是在ncbi里面输入细菌的拉丁文名称加上16S之后出现很多很多，不知道选哪个来进行我的引物设计，楼主现在知道怎么弄么？
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17楼2018-03-21 09:29:34
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