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xzhfood

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 计算势能面3D图的讨论

看到一篇论文，觉得确定化合物绝对构型思路不错，就想计算一下文章中的势能面图，化合物结构与势能面图如图所示。
文章见附件，这篇文章曾经是论坛中推荐的一篇论文，影响因子5以上：

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2037219&fpage=1&target=blank

势能面计算采用AM1水平
The potential energy surface of compound 1 was scanned at the AM1 level by rotating about the C-8-C-7 and C-7-C-1 bonds, resulting in eight minimum energy points (Fig. 3).

我按照这个思路，算法是：


%mem=1500MB
%nprocshared=2
%chk=C:\Users\xzhfood\Desktop\SHINeng\compound.Conf.M0001-scan.chk
# opt=modredundant am1 geom=connectivity

坐标设置按照 C-8-C-7 和 C-7-C-1及二者的夹角
刚开始设置：
B 8 7 S 100 0.05000 （ 键长，C-8-C-7）
B 7 5 S 100 0.05000  （键长， C-7-C-1）
A 8 7 5 S 100 0.05000  （键角， C-7-C-1）
计算一开始出错：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
NTrRot=    -1 NTRed=   235 NAtoms=    41 NSkip=   118 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Sat Aug 02 17:21:31 2014.
Job cpu time:  0 days  0 hours 13 minutes 55.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    113 Int=      0 D2E=      0 Chk=    105 Scr=      1

变换坐标后：

B 8 7 S 40 1.000 （ 键长，C-8-C-7）
B 7 5 S 40 1.000  （键长， C-7-C-1）
A 8 7 5 S 40 1.000  （键角， C-7-C-1）

高斯计算2小时后，又出现相同的错误

最后再变换坐标：
B 8 7 S 5 1.0000
B 7 5 S 5 1.0000
A 8 7 5 S 5 1.0000

计算几分种后，又出错。

现在不知道如何设置了，请各位高手指点一下，多谢。

完整的输入文件：

%mem=1500MB
%nprocshared=2
%chk=C:\Users\xzhfood\Desktop\SHINeng\compound.Conf.M0001-scan.chk
# opt=modredundant am1 geom=connectivity

M0001

0 1
C                  1.30809652   -0.10155412   -1.59795358
C                  0.46488955   -1.13359132   -2.30423701
C                 -0.75973305   -0.32554395   -2.71648227
C                 -0.91792950    0.68815622   -1.57608994
C                  0.52618255    1.15640147   -1.23510403
O                  2.49900702   -0.27607303   -1.36180499
C                  0.65557829    1.59857018    0.25963276
C                  0.25984831    0.52915068    1.27788930
C                 -0.97208647    0.62837022    1.94435317
C                 -1.37163744   -0.34422680    2.86566457
C                 -0.54803968   -1.43928669    3.14705413
C                  0.68466790   -1.52869796    2.49774451
C                  1.09134670   -0.55951202    1.57877042
O                  1.49824040   -2.59130734    2.77689589
C                 -0.97544770   -2.48046881    4.13935119
C                  2.02227520    2.20032811    0.63376373
C                  0.99503296    2.27370851   -2.18955858
O                 -1.74244568    1.77439734   -1.97287445
C                 -1.99007969   -1.20109198   -2.91628176
H                  0.99118228   -1.53839175   -3.17213966
H                  0.22155241   -1.93157414   -1.59600296
H                 -0.56616231    0.20021376   -3.66049352
H                 -1.40096498    0.19741334   -0.72608194
H                 -0.05469351    2.42943139    0.38891428
H                 -1.63779076    1.46739165    1.74899207
H                 -2.33237204   -0.23769672    3.36442172
H                  2.06274061   -0.65015026    1.10022233
H                  2.32275574   -2.49008845    2.27248578
H                 -1.98541542   -2.28560594    4.51523521
H                 -0.98276834   -3.47087151    3.67271003
H                 -0.29475806   -2.48809835    4.99668795
H                  2.04931338    2.47194976    1.69587529
H                  2.22073248    3.11676922    0.06931922
H                  2.84950173    1.50833736    0.45199681
H                  0.49341030    3.22203931   -1.96870828
H                  2.07630623    2.43580348   -2.11827099
H                  0.79540133    2.02694117   -3.23817342
H                 -2.63823679    1.42936686   -2.13293197
H                 -2.85377490   -0.59966488   -3.21678173
H                 -1.80916159   -1.94447000   -3.69970222
H                 -2.25456400   -1.73677404   -1.99830705

1 2 1.0 5 1.0 6 2.0
2 3 1.0 20 1.0 21 1.0
3 4 1.0 19 1.0 22 1.0
4 5 1.0 18 1.0 23 1.0
5 7 1.0 17 1.0
6
7 8 1.0 16 1.0 24 1.0
8 9 1.0 13 2.0
9 10 2.0 25 1.0
10 11 1.0 26 1.0
11 12 2.0 15 1.0
12 13 1.0 14 1.0
13 27 1.0
14 28 1.0
15 29 1.0 30 1.0 31 1.0
16 32 1.0 33 1.0 34 1.0
17 35 1.0 36 1.0 37 1.0
18 38 1.0
19 39 1.0 40 1.0 41 1.0
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41

B 8 7 S 5 1.0000
B 7 5 S 5 1.0000
A 8 7 5 S 5 1.0000

计算势能面3D图的讨论
1.JPG


计算势能面3D图的讨论-1
2.JPG
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    • 2014-08-02 20:13:50, 734.86 K

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1楼 2014-08-02 20:12:46
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xzhfood

荣誉版主 (著名写手)
3D 图已经算出来了，如何得到等高线图呢？如何从等高线图等到稳定构象呢？
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2楼2014-08-20 21:40:00
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xzhfood

荣誉版主 (著名写手)
3D 图已经算出来了，如何得到等高线图呢？如何从等高线图等到稳定构象呢？
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3楼2014-08-20 21:40:26
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戴世杰

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-08-22 04:10:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by xzhfood at 2014-08-20 21:40:26
3D 图已经算出来了，如何得到等高线图呢？如何从等高线图等到稳定构象呢？

楼主，你用的是笛恰尔坐标，我实在没看懂分子说明后面的变量B和A的意思。只要把坐标和能量的数据导出去，就可以用专门的软件做登高线图，比如matlab

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4楼2014-08-21 22:10:35
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xzhfood

荣誉版主 (著名写手)
B 8 7 S 5 1.0000
B 7 5 S 5 1.0000
A 8 7 5 S 5 1.0000


B:Bond 表示键长，8 7 表示坐标， A ：Angle 表示键角；


我后来改成计算二面角，就得到三维图了，打开log文件可以通过Results-scan看到3D图，但是results--surfaces/contours显示为灰色，不知道如何激活。

计算坐标设置：
D       5       4      10      11 S   9 30.000                                
D       4      10      11      17 S   9 30.000
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5楼2014-08-22 11:40:46
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