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wanghang2007

铜虫 (小有名气)

[求助] 请教maxquant 搜出5000多个蛋白,如何计算其中膜蛋白的比例?

请教各位大虾,
小弟在做人细胞的全蛋白组学鉴定。maxquant 搜出500多个蛋白,想知道其中膜蛋白的比例,有什么数据库可以算得?不需要5000个蛋白一个个比对的。
maxquant 搜出得数据格式举例如下:
Protein IDs        Majority protein IDs        Peptide counts (all)        Peptide counts (razor+unique)        Peptide counts (unique)        Protein names        Gene names        Fasta headers        Proteins        Peptides        Razor + unique peptides        Unique peptides        Sequence coverage [%]        Unique + razor sequence coverage [%]        Unique sequence coverage [%]        Mol. weight [kDa]        Sequence length        Sequence lengths
A0AV56;B7ZLP6;Q15424;Q15424-2;F5GZU3;B7Z2F6;K7EII0;K7ES42        A0AV56;B7ZLP6;Q15424;Q15424-2;F5GZU3;B7Z2F6        27;27;27;25;23;22;4;3        27;27;27;25;23;22;4;3        15;15;15;13;11;10;3;3        Scaffold attachment factor B1        SAFB        *        8        27        27        15        31        31        18.1        102.85        917        917;916;915;848;747;759;153;106

专家、大虾们们有谁知道具体怎么怎么搜膜蛋白的比例?
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minganyang

银虫 (小有名气)

你的问题解决了吗?我现在也遇到跟你差不多的问题。你是怎么解决的啊?
2楼2015-11-13 21:23:12
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