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请教maxquant 搜出5000多个蛋白，如何计算其中膜蛋白的比例？
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请教各位大虾， 小弟在做人细胞的全蛋白组学鉴定。maxquant 搜出500多个蛋白，想知道其中膜蛋白的比例，有什么数据库可以算得？不需要5000个蛋白一个个比对的。 maxquant 搜出得数据格式举例如下： Protein IDs Majority protein IDs Peptide counts (all) Peptide counts (razor+unique) Peptide counts (unique) Protein names Gene names Fasta headers Proteins Peptides Razor + unique peptides Unique peptides Sequence coverage [%] Unique + razor sequence coverage [%] Unique sequence coverage [%] Mol. weight [kDa] Sequence length Sequence lengths A0AV56;B7ZLP6;Q15424;Q15424-2;F5GZU3;B7Z2F6;K7EII0;K7ES42 A0AV56;B7ZLP6;Q15424;Q15424-2;F5GZU3;B7Z2F6 27;27;27;25;23;22;4;3 27;27;27;25;23;22;4;3 15;15;15;13;11;10;3;3 Scaffold attachment factor B1 SAFB * 8 27 27 15 31 31 18.1 102.85 917 917;916;915;848;747;759;153;106 专家、大虾们们有谁知道具体怎么怎么搜膜蛋白的比例？  |
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minganyang
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2楼2015-11-13 21:23:12
