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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 毕业献礼，送大家一个分析降解组数据的小程序
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银虫 (小有名气)

[交流] 毕业献礼，送大家一个分析降解组数据的小程序 已有3人参与

本程序根据降解组数据筛选psRNATarget的预测结果。筛选的主要原则是：若某RNA位点被psRNATarget预测为miRNA的靶标，且预测位点上出现异常多的断裂事件（1个降解组数据视为一个断裂事件），则判断该位点为真正的miRNA靶位点。

本人太懒，没好好写程序文档...有兴趣又没看懂我写什么的请给我留言吧。

最后，本程序遵循GNU GENERAL PUBLIC LICENSE Version 2发布。毕业献礼，送大家一个分析降解组数据的小程序
未命名.PNG
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  • 附件 1 : 降解组数据分析.7z
    • 2014-07-28 00:36:05, 1.15 M

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yantaowang

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1楼 2014-07-28 00:40:00
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小松果2012

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-29 08:44:27
请问这个具体要怎么用呢？我们目前也是用一些软件预测miRNA，不过假阳性很多，想问一下：如果是针对SNP是否影响miRNA结合，能用你说的这个方法吗？
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2楼2014-07-28 17:59:38
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XOooZzz

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小松果2012 at 2014-07-28 17:59:38
请问这个具体要怎么用呢？我们目前也是用一些软件预测miRNA，不过假阳性很多，想问一下：如果是针对SNP是否影响miRNA结合，能用你说的这个方法吗？

这个程序只针对植物，动物我不保证效果哈。
然后要有降解组数据。

如果你符合上述条件，可以看看压缩包里面的说明文档看看怎么用。

但即使这个程序的结果符合你的预期，也只是间接的证据，你还是要做实验来进一步验证。
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3楼2014-07-28 18:58:59
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小松果2012

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-29 08:44:31
引用回帖:
3楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-07-28 18:58:59
这个程序只针对植物，动物我不保证效果哈。
然后要有降解组数据。

如果你符合上述条件，可以看看压缩包里面的说明文档看看怎么用。

但即使这个程序的结果符合你的预期，也只是间接的证据，你还是要做实验来 ...

谢谢哈，我们是做人类遗传的，后来我百度psRNATarget才知道这个是针对植物的。
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4楼2014-07-28 23:35:15
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growlywolf

金虫 (小有名气)
赞。下下来玩一下
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5楼2014-08-05 17:51:41
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yantaowang

金虫 (正式写手)

奋斗小青年
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
楼主你好，我有几个问题想问一下:
1、”降解组到RNA的投映数据，sam格式“这个投映数据是在Linux系统里做的吗？用Windows 能实现吗？能不能说的再详细些啊？
2、RNA数据指的是小RNA的序列文件还是转录组序列文件呢？

麻烦了，谢谢
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我生命里的温暖就那么多......全部给了你！
6楼2018-10-30 09:55:58
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