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分子动力学开始瞬间，整个体系突然缩小 已有1人参与
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我将所研究的系统放在一个立方体水箱中，做了20000步优化之后，从0K逐步升温，每次升温30K， 跑5000步，但是在优化完成后开始跑分子动力学的瞬间，整个水箱（包括里面的研究体系）突然缩小，从VMD的动画中可以明显看出。 不知道这是否是正常现象，如果不是，究竟是何原因导致的，如何解决，不知道有没有人遇到过类似的问题？ 谢谢大家！ |
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2楼2014-07-27 09:52:22
3楼2014-07-27 09:53:18
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您好！感谢您的回复，我的conf文件如下： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # the whole complex in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ionized.psf coordinates ionized.pdb set temperature 300 set outputname whole_out firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid_na.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 14.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 16.0 # Integrator Parameters timestep 2 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 152.1 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 158.9 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 152.6 cellOrigin -52.6 -16.9 -29.8 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 20000 for { set TEMP 0 } { $TEMP < 300 } { incr TEMP 30 } { reinitvels $TEMP langevinTemp $TEMP run 5000 } reinitvels $temperature langevinTemp 300 langevinPistonTemp 300 run 1000000 ;# 2ns |
4楼2014-07-27 12:08:34
5楼2014-07-27 20:34:02
6楼2014-07-27 20:48:49