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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)

[求助] 本地BLAST的结果分析,s.star的值大于s.end,什么原因?已有1人参与

如图所示BLAST的结果是这样的,也就是说我定位的query是从sbjct后面向前匹配的,query是一段编码蛋白的序列,我总共有大约20个不同的query,有的定位的结果是s.star<s.end,大约6个的s.star>s.end,有木有人知道为什么会这样,是我的query找错了么,我的query是在网上的数据库根据论文的LOC号找的(非NCBI),求僚机,求助攻谢谢啦O(∩_∩)O哈哈~

本地BLAST的结果分析,s.star的值大于s.end,什么原因?
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuehedou at 2014-07-25 10:52:09
ref或subject是有反向链的。。。默认都是双链比对

双链比对是什么意思,你这里的反向链是指反义链么,还是5‘变3’,3‘变5’的另外一条链。。。。。。谢谢大神啦,那个翻译的方向是5‘-3’的,我其实还是不太明白。。。。。。
3楼2014-07-25 11:27:10
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
ref或subject是有反向链的。。。默认都是双链比对
每天都为自己的无知而羞耻!
2楼2014-07-25 10:52:09
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
木木不喜欢我: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-07-26 15:36:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by 木木不喜欢我 at 2014-07-25 11:27:10
双链比对是什么意思,你这里的反向链是指反义链么,还是5‘变3’,3‘变5’的另外一条链。。。。。。谢谢大神啦,那个翻译的方向是5‘-3’的,我其实还是不太明白。。。。。。...

就是反义链,反向互补的那条链,比如你使用tabular格式输出,可以选择好像是有个sstrand的选项,就是subject strand,会标明比对到plus还是minus链,但比对结果的sstart和send都是按正义链来编号的,所以就会出现sstart比send大的情况。
我不是大神。
每天都为自己的无知而羞耻!
4楼2014-07-25 15:22:32
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yuehedou at 2014-07-25 15:22:32
就是反义链,反向互补的那条链,比如你使用tabular格式输出,可以选择好像是有个sstrand的选项,就是subject strand,会标明比对到plus还是minus链,但比对结果的sstart和send都是按正义链来编号的,所以就会出现s ...

谢谢你啊,那个我还是得麻烦你,我的序列是蛋白也就说是正义链表达的,怎么会匹配到负义链呢?难道测序的正负义链是随机标定的么?或者是没有绝对的正负义链?问这些基础的东西感觉很不好意思希望能帮我答复一下谢谢啦O(∩_∩)O哈哈~

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2014-07-26 09:44:29
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