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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 本地BLAST的结果分析，s.star的值大于s.end,什么原因？
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)

[求助] 本地BLAST的结果分析，s.star的值大于s.end,什么原因？ 已有1人参与

如图所示BLAST的结果是这样的，也就是说我定位的query是从sbjct后面向前匹配的，query是一段编码蛋白的序列，我总共有大约20个不同的query,有的定位的结果是s.star<s.end,大约6个的s.star>s.end,有木有人知道为什么会这样，是我的query找错了么，我的query是在网上的数据库根据论文的LOC号找的（非NCBI），求僚机，求助攻谢谢啦O(∩_∩)O哈哈~

本地BLAST的结果分析，s.star的值大于s.end,什么原因？
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1楼 2014-07-25 09:58:18
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ref或subject是有反向链的。。。默认都是双链比对
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每天都为自己的无知而羞耻！
2楼2014-07-25 10:52:09
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuehedou at 2014-07-25 10:52:09
ref或subject是有反向链的。。。默认都是双链比对

双链比对是什么意思，你这里的反向链是指反义链么，还是5‘变3’，3‘变5’的另外一条链。。。。。。谢谢大神啦，那个翻译的方向是5‘-3’的，我其实还是不太明白。。。。。。
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3楼2014-07-25 11:27:10
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
木木不喜欢我: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-07-26 15:36:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by 木木不喜欢我 at 2014-07-25 11:27:10
双链比对是什么意思，你这里的反向链是指反义链么，还是5‘变3’，3‘变5’的另外一条链。。。。。。谢谢大神啦，那个翻译的方向是5‘-3’的，我其实还是不太明白。。。。。。...

就是反义链，反向互补的那条链，比如你使用tabular格式输出，可以选择好像是有个sstrand的选项，就是subject strand，会标明比对到plus还是minus链，但比对结果的sstart和send都是按正义链来编号的，所以就会出现sstart比send大的情况。
我不是大神。
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4楼2014-07-25 15:22:32
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuehedou at 2014-07-25 15:22:32
就是反义链，反向互补的那条链，比如你使用tabular格式输出，可以选择好像是有个sstrand的选项，就是subject strand，会标明比对到plus还是minus链，但比对结果的sstart和send都是按正义链来编号的，所以就会出现s ...

谢谢你啊，那个我还是得麻烦你，我的序列是蛋白也就说是正义链表达的，怎么会匹配到负义链呢？难道测序的正负义链是随机标定的么？或者是没有绝对的正负义链？问这些基础的东西感觉很不好意思希望能帮我答复一下谢谢啦O(∩_∩)O哈哈~
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

木木不喜欢我
5楼2014-07-26 09:44:29
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 木木不喜欢我 at 2014-07-26 09:44:29
谢谢你啊，那个我还是得麻烦你，我的序列是蛋白也就说是正义链表达的，怎么会匹配到负义链呢？难道测序的正负义链是随机标定的么？或者是没有绝对的正负义链？问这些基础的东西感觉很不好意思希望能帮我答复一下谢 ...

我说“我的序列是蛋白也就说是正义链表达的”的意思是，我的参考序列是是表达蛋白的DNA序列，我是用DNA和DNA进行BLAST的O(∩_∩)O谢谢啦
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6楼2014-07-26 09:49:18
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木木不喜欢我

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 木木不喜欢我 at 2014-07-26 09:49:18
我说“我的序列是蛋白也就说是正义链表达的”的意思是，我的参考序列是是表达蛋白的DNA序列，我是用DNA和DNA进行BLAST的O(∩_∩)O谢谢啦...

好的我明白了谢谢了O(∩_∩)O哈哈哈~
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7楼2014-07-26 15:33:29
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 木木不喜欢我 at 2014-07-26 09:49:18
我说“我的序列是蛋白也就说是正义链表达的”的意思是，我的参考序列是是表达蛋白的DNA序列，我是用DNA和DNA进行BLAST的O(∩_∩)O谢谢啦...

DNA两条链上都会有基因的，只是一般真核生物（好像是，记不很清）的正链上基因数量更多，密度更大；但负链上也会有。
你明白了就好~~确实是很基础的概念。
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每天都为自己的无知而羞耻！
8楼2014-07-26 15:44:45
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