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bomeijuan

银虫 (小有名气)

[交流] 急,细菌基因组DNA提取

用试剂盒提取的细菌基因组DNA,跑了0.8%的琼脂糖电泳,看不到清晰条带,严重的涂带和拖带现象?是DNA降解了吗?怎么处理?降解是操作导致还是样品本身的原因?
DNA提取过程当中有什么值得注意的操作步骤?

[ Last edited by bomeijuan on 2008-4-5 at 22:51 ]
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lybio

金虫 (正式写手)

用试剂盒提取,居然没带?
这个月我做了4次用液氮研磨米曲霉提取基因组DNA,采用SDS-TE 60℃水浴30min(此步要反复颠倒混匀数次),饱和酚:氯仿(1:1)抽提一次(要提前2h配制),饱和酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提两次,2倍冷无水乙醇沉淀20min(请问无水乙醇跟抽提的上清夜是否会均匀混合,感觉加了无水乙醇,处于分层状态,此现象是否正常?加完后没见有絮状白色沉淀出现,但20min后离心有白色沉淀),后用1ml,70%乙醇重漩沉淀,(沉淀很结实,必须用枪头搅,白色沉淀才能分散开,觉得不像是DNA),50℃烘箱干燥后,用加了RNAse 的TE 20ul溶解,37℃放置20min。跑电泳后,居然只有条很小KB的条带,不见基因组DNA。前两个月提过一次,成功了。这月不知为啥怎么提,都提不成,请大家帮忙找下原因,谢谢!
2楼2008-04-05 21:13:42
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11014612

银虫 (初入文坛)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
引用回帖:
Originally posted by lybio at 2008-4-5 21:13:
用试剂盒提取,居然没带?
这个月我做了4次用液氮研磨米曲霉提取基因组DNA,采用SDS-TE 60℃水浴30min(此步要反复颠倒混匀数次),饱和酚:氯仿(1:1)抽提一次(要提前2h配制),饱和酚:氯仿:异戊醇(25:2 ...

饱和酚的PH对不对?我记得酚的PH会影响DNA在水相和油相的分配
我提基因组的时候加完乙醇也是分层的 可能是密度不一样吧 一般加完乙醇都要混匀 好象对结果没什么影响
3楼2008-04-05 23:17:55
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figo.339

木虫 (著名写手)

应该是DNA降解了。有的菌基因组DNA很难提取,有的量很少!
4楼2008-04-06 13:31:00
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