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hlq3175木虫 (正式写手)
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【求助】关于聚合物链加溶剂力的Brawnian动力学模拟 已有1人参与
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| 请教个问大神几个关于Brawnian动力学模拟的问题对于聚合物纳米颗粒体系不考虑溶剂力效应的布朗动力学模拟可以通过Lammps实现，但是对于考虑溶剂力作用的模拟，该如何实现呢？还有一个问题就是，对于聚合物本身我们可以看作它是符合布朗动力学模拟的，但是对于聚合物的每个链接，假如我也要处理成符合布朗动力学模拟，这又该如何实现？谢谢大家了。 |
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【求助】分子动力学的溶剂化分析
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lsloneil
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月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-26 14:12:02
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http://gepard.bioinformatik.uni- ... e-brownian-dynamics 这个软件也许能做含HI的BD。 |
6楼2014-07-26 10:23:41
lsloneil
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溶剂的力已经包含在粘滞力和随机力里面了，因为你已经在使用隐式溶剂(implicit solvent)，这两项对于表征溶剂对高分子的影响已经基本够用了。如果你要用显式溶剂（explicit solvent）来具体化溶剂的作用力，那你就得把每个溶剂分子都表示出来，这时就不太适合用Browian dynamics了，直接上MD。 如果你需要更复杂的溶剂力，这时你需要考虑hydrodynamic interaction，也就是说一个粒子的运动使它周围的溶剂产生了流动，这些溶剂的流动又影响了其他粒子。Hydrodynamic interaction的处理涉及diffusion tensor的选择，详细信息可以看McCammon最早那篇关于Browian dynamics的文章 J. Chem. Phys. Vol 69, No. 4, 1978 带有hydrodynamic interaction的Browian dynamics模拟lammps不能做，必须自己改代码，并且hydrodynamic interaction是个长程作用，算起来很复杂很慢，对于新手不建议做这个。 看不懂你第二个问题。 |
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hlq31752楼2014-07-23 09:21:19
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3楼2014-07-25 08:09:37
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hlq3175: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢您的耐心解答 2014-07-25 14:14:32
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-07-26 14:11:49
hlq3175: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢您的耐心解答 2014-07-25 14:14:32
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-07-26 14:11:49
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涉及hydrodynamic interaction (HI)的brownian dynamics (BD)通常都是自编程，所以如果你编程能力不行的话建议就不要在这个上面浪费时间了，况且你也不知道加了HI之后能对你的体系有多大影响。不过如果你在文献中看到有人做了带HI的BD，可以找他们要代码（有些课题组代码会放在网站上）。 如果你有一点编程基础，能够大致看懂lammps代码的结构，那么可以一试。有HI和没有HI的BD相比，主要区别在于：1. 随机力的获得不像普通BD那样只要一个随机数生成器就行了，需要做Cholesky Decomposition（这个比较费时，参见J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 242–256）2. Diffusion tensor的计算是个长程相互作用，也比较费时，当然可以考虑HI的屏蔽效应（J. Chem. Phys. 139, 121922 (2013)），或者采用比较大的截断半径。总之，即便你把HI成功加到lammps代码里，计算速度也会慢不少，如果没有足够的计算资源，不建议尝试。 我还是不太懂你的第二个问题。假如之前你是把整个聚合物粗粒化成大球做BD，那么你当然可以把聚合物分成单体，每个单体聚合物做粗粒化并用一个弹簧连接起来再跑BD。 |
4楼2014-07-25 12:47:05
