24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1970  |  回复: 6

xiaowei3820

银虫 (正式写手)

[求助] 各位大神,怎么计算 温度B因子Bf,溶剂可及表面积SASA,蛋白质原子接触数NPAC ? 已有2人参与

如题,各位大神,怎么计算:
温度B因子Bf,
溶剂可及表面积SASA,
蛋白质原子接触数NPAC 。

分别有什么好方法吗??
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xiaowei3820: 金币+1, 有帮助 2014-07-21 18:09:22
溶剂可及表面积可否计算solvent或者Connolly表面:
tools--volumes and surfaces--setup--task:solvent surfaces或者 Connolly   
surface。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-07-21 15:09:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaowei3820

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-21 15:09:26
溶剂可及表面积可否计算solvent或者Connolly表面:
tools--volumes and surfaces--setup--task:solvent surfaces或者 Connolly   
surface。

用的哪个软件?
3楼2014-07-21 18:09:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

内容已删除
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-07-21 18:25:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaowei3820: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-07-22 16:19:30
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-07-22 18:55:29
SASA 可用reduce, Stride等
B-factor:需要一段trajetory,从RMSF计算
NPAC:直接数1-4键之后进入Rcutoff以内的原子对数即可
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-22 08:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaowei3820

银虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2014-07-22 08:21:34
SASA 可用reduce, Stride等
B-factor:需要一段trajetory,从RMSF计算
NPAC:直接数1-4键之后进入Rcutoff以内的原子对数即可

我需要计算的是水3.5埃范围内的这个数目,直接数1-4键能具体解释一下吗?
6楼2014-07-23 10:42:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaowei3820 at 2014-07-23 10:42:12
我需要计算的是水3.5埃范围内的这个数目,直接数1-4键能具体解释一下吗?...

1到4个化学键连内的原子非键作用不能算为原子接触数
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
7楼2014-07-23 10:58:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaowei3820 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿华中农微生物,288分,三年实验经历 +10 代fish 2026-04-09 10/500 2026-04-10 09:49 by potato妹
[考研] 277 数一104,学硕,求调剂 +14 瓶子PZ 2026-04-09 15/750 2026-04-10 09:32 by grey499
[考研] 生物学求调剂 一志愿沪9,326分 +7 刘墨墨 2026-04-06 7/350 2026-04-10 08:11 by kangsm
[考研] 296求调剂 +12 汪!?! 2026-04-08 12/600 2026-04-10 08:04 by 探123
[考研] 070300化学 求调剂 +13 73372112 2026-04-08 13/650 2026-04-09 20:22 by maddjdld
[考研] 312求调剂 +3 李鸿飞飞 2026-04-06 3/150 2026-04-09 17:32 by wp06
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +3 慕绝cc 2026-04-09 3/150 2026-04-09 09:57 by liuhuiying09
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
[考研] 316求调剂 +7 yyx想调剂 2026-04-05 7/350 2026-04-07 14:31 by shdgaomin
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程,初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 专硕304找调剂,一线城市最好 +3 李lsl李 2026-04-05 3/150 2026-04-06 12:16 by ffffjjjj
[考研] 319求调剂 +3 handrui 2026-04-05 3/150 2026-04-06 09:33 by jp9609
[考研] 一志愿C9的化学工程(085602) 340分,感觉校内调剂无望,求调剂 +12 万事宜臻 2026-04-04 12/600 2026-04-06 07:46 by 无际的草原
[考研] 283求调剂 +5 baiiyu 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:35 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿9材料学硕297已过六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-04-04 12/600 2026-04-05 19:04 by 蓝云思雨
[考研] 考研调剂生寻找导师 +3 顾瞻考研啊 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:18 by 啵啵啵0119
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:06 by imissbao
[考研] 一志愿南农090401,268,求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 数二英二348求调剂 +4 hxdzj1 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:25 by zhq0425
[考研] 283求调剂 +3 jiouuu 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:28 by jiouuu
信息提示
请填处理意见