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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 各位大神，怎么计算 温度B因子Bf，溶剂可及表面积SASA，蛋白质原子接触数NPAC ?
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xiaowei3820

银虫 (正式写手)

[求助] 各位大神，怎么计算 温度B因子Bf，溶剂可及表面积SASA，蛋白质原子接触数NPAC ? 已有2人参与

如题，各位大神，怎么计算：
温度B因子Bf，
溶剂可及表面积SASA，
蛋白质原子接触数NPAC 。

分别有什么好方法吗？？
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1楼 2014-07-21 14:59:24
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xiaowei3820: 金币+1, ★有帮助 2014-07-21 18:09:22
溶剂可及表面积可否计算solvent或者Connolly表面：
tools--volumes and surfaces--setup--task：solvent surfaces或者 Connolly   
surface。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-07-21 15:09:26
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xiaowei3820

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-21 15:09:26
溶剂可及表面积可否计算solvent或者Connolly表面：
tools--volumes and surfaces--setup--task：solvent surfaces或者 Connolly   
surface。

用的哪个软件？
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3楼2014-07-21 18:09:46
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
内容已删除
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-07-21 18:25:40
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaowei3820: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-07-22 16:19:30
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-07-22 18:55:29
SASA 可用reduce, Stride等
B-factor:需要一段trajetory,从RMSF计算
NPAC:直接数1-4键之后进入Rcutoff以内的原子对数即可
赞一下(1人) 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-22 08:21:34
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xiaowei3820

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2014-07-22 08:21:34
SASA 可用reduce, Stride等
B-factor:需要一段trajetory,从RMSF计算
NPAC:直接数1-4键之后进入Rcutoff以内的原子对数即可

我需要计算的是水3.5埃范围内的这个数目，直接数1-4键能具体解释一下吗？
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6楼2014-07-23 10:42:12
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polypro

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaowei3820 at 2014-07-23 10:42:12
我需要计算的是水3.5埃范围内的这个数目，直接数1-4键能具体解释一下吗？...

1到4个化学键连内的原子非键作用不能算为原子接触数
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
7楼2014-07-23 10:58:14
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