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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 霉菌的鉴定出现了分子鉴定结果和biolog鉴定结果冲突信哪个
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敏小敏2013

铁虫 (初入文坛)

[求助] 霉菌的鉴定出现了分子鉴定结果和biolog鉴定结果冲突信哪个 已有2人参与

求助各位大虾,。。没有金币啊。求可怜。最近在做一株霉菌的鉴定。。姑且叫它C菌。
做了ITS的扩增，在NCBI上比对以后做了进化树。结果C菌和A菌和B菌在一个分支上。
然后做了BIOLOG鉴定。。。结果是D菌！！我要怎么办，它到底是什么。。


                                                                                           68    |----------C(待鉴定)
                                         |---------------------------------------------|---------A菌（NCBIiden值100%）
---------------------------------|                                                        |---------C菌（NCBIiden值100%）
|                                        |-----------------------------------D菌（biolog结果，NCBI上inden值99%）
|
|----------------------------------------------------------------X菌

求帮忙。。。我快崩溃了。。。
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1楼 2014-07-15 19:36:50
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andylihuilai

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

biolog是基于碳源利用的原理来对物种进行鉴定的，我们实验室做个大量的研究表明biolog对霉菌鉴定结果稳定性不好，这可能是由于霉菌同种内不同菌株的代谢特征一致性不好导致的，对于霉菌的鉴定一般还是以形态学为主，但ITS序列分析也是一种重要的手段，建议楼主在its序列分析的基础上，结合形态学方法来鉴定，如果确实部熟悉的话可以找专业的鉴定机构做，据我所知，国内有好几家菌种保藏中心都提供菌种鉴定服务，我知道的如CICC,CGMCC都可以做的，你可以去咨询下
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6楼2014-07-22 17:24:07
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julycie

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
敏小敏2013(dllchina代发): 金币+1, 鼓励应助 2014-07-22 23:15:21
不好说，biolog做重复没？常规菌的看看形态吧，用18S再甄别一下，看看。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2014-07-15 22:50:42
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敏小敏2013

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by julycie at 2014-07-15 22:50:42
不好说，biolog做重复没？常规菌的看看形态吧，用18S再甄别一下，看看。

感谢你的回答。。。现在的情况是，18S的测序结果非常之好。。图谱出来所有的峰都是单峰很清楚。。所以18S的鉴别个人认为木有必要了。。。然后biolog的重复的话。。板子太贵了。。老师不可能让做重复试验了。。就是这样一种情况，不过匹配的D菌的SIM值不是很高。第二行是A菌 SIM值是0。那么我可不可以认为BIOLOG数据库里没有B菌。既然排除了C菌和A菌，那么可不可以认为就是B菌呢？
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3楼2014-07-16 09:17:12
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duckula7708

木虫 (正式写手)
Biolog是基于微生物培养的，可能涉及到微生物的生理状态，营养，培养温度等条件影响。而分子方面一般都是稳定的。
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4楼2014-07-16 10:47:43
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