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lzn_t木虫 (小有名气)
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castep 计算问题已有1人参与
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大家好，我使用castep计算了含有64个Si原子的超晶胞体系，超晶胞里有掺杂后的缺陷结构，磁性体系。当时设置energy cutoff 为330eV，k点设为3x3x3。投稿后，审稿人提出这些参数可能精度不够，于是近期做了收敛性测试和重新计算，但是发现计算速度特别慢。不知道怎么回事，恳请大家赐教！ 最初计算时，使用的计算机是8核CPU的机器，对体系结构优化大概需要2天左右时间。优化时勾选spin polarized，参数设置为energy off :330eV, k点 3x3x3。约计算近30步后收敛，successful。 现在重新计算时，先做结构优化，没有勾选spin polarized，参数设置为energy off 550eV， k点 6x6x6。在原来的8核机子上计算，从7月6号开始到现在，计算了20步，还未收敛。 同时，在另一台32核的机器上计算，从7月11号开始到现在，从Convergence的图来看，仅优化到第3步。很是困惑！ 恳请大家赐教！在此先谢！ |
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franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-07-29 13:07:12
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现在猜测不出什么，导致这样的原因很多，建议打开IE，输入你服务器的ip:18888（如果服务器是windows系统采用本机计算的话可以输入localhost:18888）在jobs选项卡中选择你正在进行任务的PID（对应MS下计算界面的Job ID），然后里面有个*.castep的文件，点开（后格式格式可能较乱，刷新即可），把里面的信息贴过来。 或者可以右击Jobs中的任务，remote view，然后和上面的情形一样，点开*.castep。 这样可以诊断时间过长到底是scf时间过长（计算量大），还是scf步数长（结构不合理或电子结构不合理），还是几何优化步数长（结构不合理）导致的，一般单机计算图形界面的反馈信息比castep文件刷新稍慢。 |
2楼2014-07-14 14:22:09
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6L的说法有道理，并且从结果来看迭代一步的速度相当慢，大概1000s走一个scf，假设一个构型算20steps，几何优化跳一个点出来大约5小时。计算32核心的机器上采用了28核心，我不确定这个是32核心是32线程，主频如何我也不确定，有时候主频不充分核心数多未必计算速度快。我们组以前买了4路*10核心的服务器，主频2.0，实际计算速度还不如8核心的。 k和Ecut具体多少并不是一下提上去的，需要进行收敛性测试，否则其实并没有解决审稿人的问题。你原来的（低）参数只要满足收敛性测试，即便k和Ecut较低也无妨。一般收敛性测试严格些的话基本都是0.1meV/k/atom及0.1meV/eV/atom Ecut，如果体系很大计算量不充裕，可以适当放宽标准，如1meV。具体收敛测试站内有详细描述的帖子，不妨找找。另外，空带数目是否充分对计算精度也有影响，但不建议过高。 如果你能确定是磁性体系，必须要采用自旋极化，稳妥起见，最好为磁性的原子指定磁矩。 |
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lzn_t7楼2014-07-17 12:38:27
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