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【奖励】 本帖被评价17次,作者njuswj增加金币 13.05

njuswj

银虫 (小有名气)


[资源] 【分享】castep中断后如何恢复计算。。。

今天用castep计算,不知怎么回事,电脑死机了,不得不重新启动,当时已经算了3天了,总不能白算,于是就在ms帮助文件里找了下,现在跟大家分享。。。
以下是ms帮助文件里的内容:

Restarting a CASTEP calculation
It is not possible to restart a completed CASTEP job automatically via the interface. However, there are circumstances in which you may wish to do this, for example, if you are running a geometry optimization which does not converge in the given number of steps, or a you wish to continue your calculation with manually modified runtime parameters. To restart such jobs you should edit .param file and add the CONTINUATION keyword to the file.

Note. Any additional changes to this file may make it impossible to restart the CASTEP job successfully.

Tip. It is possible to remove everything from .param and leave only the CONTINUATION line. This will ensure that all of the settings remain exactly the same as those from the previous run.

Note. In order to restart a job, the output files from the previous run must be present in the Project folder. This check and the subsequent transfer of the files to the server happens automatically whenever CASTEP is used to run an existing file set or to calculate additional properties.

以下是关于CONTINUATION的说明:
CONTINUATION (.param)

Description
This keyword contains a string which specifies the model file used to continue the job.

If the keyword CONTINUATION contains the string DEFAULT (case-insensitive), the file seedname.check will be used. The same effect can be achieved by providing the CONTINUATION keyword on its own, with no value.

The default value of this parameter is NULL which corresponds to no continuation (a new run).

Note. A run cannot be both a REUSE and a CONTINUATION. A CONTINUATION run restarts the current job from the end of the previous one. As a consequence, only a limited subset of the available parameters may be changed between CONTINUATION runs.

Example
CONTINUATION : default

其实也就是在你的*.param中添加CONTINUATION : default,然后把你上一次计算得到的*.check文件复制到上次计算的那个文件夹下,然后在ms中打开*.param,点Modules->CASTEP->casculation->files...->Run files

其中还要注意一点就是当你把*.check文件复制到当前目录时
务必保持其名字跟当前3d模型*.xsd名字一致,因为如果上一词计算文件名字中有空格,在计算过程中会把空格变成_,直接复制过去名字肯定会不一样,这样就要重命名下。
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布布狗

铁虫 (小有名气)


★ ★ ★
xiaohunhun(金币+3):其实都是差不多的,重新算时间上差不多,从前试过的 2010-04-27 20:22
我要疯了,我每次都重算的
26楼2010-04-27 12:17:45
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acridine

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
xiaohunhun(金币+3):谢谢 2010-04-27 20:23
看来有不少同志对MS继续计算不熟悉啊。
帮助楼主补充两点:
1. dmol也有继续计算方法,关键词是 scf_restart,当然,也有类似与castep中*.check的文件,扩展名记不得了,Help中肯定有
2.楼上有人问道,从.xsd文件继续计算有何不可?当然也可以,但是这么做是从当前结构出发,效率不高,只是在几何优化中有一定用处,可以从当前结构出发继续优化。CONTINUATION和scf_restart可以做得更好,它们可以从中断时候的波函数开始继续计算。
举几个例子就可以明白:
比如几何优化进行了3步,第三步也走了20个scf了,这时候突然中断。如果你从.xsd出发,则只能从第3步的第一个scf开始。而使用CONTINUATION和scf_restart则可以从第3步的第20个scf继续计算。
再如能量计算的时候突然中断,那么从.xsd出发,无异于重新开始能量计算,没有节省任何时间。而CONTINUATION和scf_restart则可以从中断时候的波函数开始继续计算。
最后,也是比较重要的,就是性质计算。如果我已经计算了某个性质,突然觉得计算另一个性质对说明问题更有帮助,这时候如果不使用继续计算,则还需要从头做一次能量,涉及多次scf迭代,很费时间。如果使用scf_restart开始计算,则会发现,scf瞬间就收敛,很快就进入到性质计算。
还有个要补充的是:大家都知道频率计算的计算量也是很大的,幸好对于频率也是有CONTINUATION和scf_restart的,可以在中断之后继续。Help中自有介绍
29楼2010-04-27 16:25:05
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普通回帖

shqshq

木虫 (正式写手)



freshgirl(金币+1,VIP+0):谢谢参与~ 7-24 23:15
听别人说点计算开始时自动生成的目录里面有个 calculation 开始run就可以继续算了。
2楼2009-07-24 21:51:33
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shqshq

木虫 (正式写手)


看错题目了
3楼2009-07-24 21:52:53
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yulifto

木虫 (正式写手)


★ 一星级,一般

有个这样的文件-Trajectory.xtd,你继续在这个基础上算就可以了!
4楼2009-07-24 23:42:35
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xmc8362

银虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

LZ试过没有,真的行吗?
5楼2009-07-25 00:06:45
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njuswj

银虫 (小有名气)


引用回帖:
LZ试过没有,真的行吗?

试过,要不不会发出来的~

[ Last edited by njuswj on 2009-7-25 at 13:04 ]
6楼2009-07-25 13:03:40
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stou

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

这个实在是太有用了,谢谢LZ分享经验
8楼2009-07-25 22:52:09
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cloud9581

银虫 (小有名气)


谢谢,非常感谢!
11楼2009-09-02 13:20:07
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jornor


引用回帖:
Originally posted by shqshq at 2009-7-24 21:52:
有个这样的文件-Trajectory.xtd,你继续在这个基础上算就可以了!  

这个计算是接着已经计算好的,还是重新计算呢?

[ Last edited by jornor on 2009-9-7 at 14:09 ]
12楼2009-09-07 14:06:21
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jornor


引用回帖:
Originally posted by yulifto at 2009-7-24 23:42:
有个这样的文件-Trajectory.xtd,你继续在这个基础上算就可以了!

这个是继续上次计算,还是重新计算呢??

[ Last edited by jornor on 2009-9-7 at 14:08 ]
13楼2009-09-07 14:07:19
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jornor


另外:
CONTINUATION : default

在*.param什么位置添加??
14楼2009-09-07 14:10:29
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ilyx8050

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

15楼2009-09-07 18:09:26
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wangyb4142

金虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励


谢谢分享经验
16楼2009-09-08 15:48:43
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njuswj

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by jornor at 2009-9-7 14:07:


这个是继续上次计算,还是重新计算呢??

[ Last edited by jornor on 2009-9-7 at 14:08 ]

继续上次的计算
17楼2009-09-08 18:18:14
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njuswj

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by jornor at 2009-9-7 14:06:


这个计算是接着已经计算好的,还是重新计算呢?

[ Last edited by jornor on 2009-9-7 at 14:09 ]

计算上次的计算
18楼2009-09-08 18:18:47
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njuswj

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by jornor at 2009-9-7 14:10:
另外:
CONTINUATION : default

在*.param什么位置添加??

添加到最后就行
19楼2009-09-08 18:19:25
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njuswj

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by xmc8362 at 2009-7-25 00:06:
LZ试过没有,真的行吗?

试过,没试过的我不会发出来的。
20楼2009-09-08 18:21:07
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fanjing_83

金虫 (小有名气)


*.check一般会在哪里我怎么找不到呢?
21楼2009-09-08 21:25:03
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同问。每个计算 结果都会生成一个check文件,但是不知道存在哪里。搜索了电脑也没有找到呢。
22楼2009-09-09 10:19:00
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njuswj

银虫 (小有名气)


★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 9-9 13:44
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2009-9-9 10:19:
同问。每个计算 结果都会生成一个check文件,但是不知道存在哪里。搜索了电脑也没有找到呢。

因为这个文件是隐藏的,你搜索的话需要从隐藏文件中搜索。
.../dsd/jobs/文件夹下
23楼2009-09-09 10:42:41
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yachunwang


O(∩_∩)O~非常有用,谢谢分享!
24楼2009-09-12 17:31:48
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★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★★★★ 五星级
25楼2009-09-13 17:42:01
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yangkunspace

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by njuswj at 2009-07-23 09:26:57:
今天用castep计算,不知怎么回事,电脑死机了,不得不重新启动,当时已经算了3天了,总不能白算,于是就在ms帮助文件里找了下,现在跟大家分享。。。
以下是ms帮助文件里的内容:

Restarting a CASTEP calcul ...

楼主是针对windows的吧, 一般在linux服务器上呢 ,怎么弄???
27楼2010-04-27 13:14:01
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liang7035

金虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

比如优化晶胞 ,优化过程中会出现这个文件3D Atomistic.xsd,如果断电或者死机重启了,再开机接这3D Atomistic.xsd 计算就可以了,不知道是否管用啊??
28楼2010-04-27 14:40:02
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★★★ 三星级,支持鼓励

xp系统下,直接继续run不就行了,,,不用这么麻烦吧
30楼2010-04-28 16:15:13
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引用回帖:
Originally posted by acridine at 2010-04-27 16:25:05:
看来有不少同志对MS继续计算不熟悉啊。
帮助楼主补充两点:
1. dmol也有继续计算方法,关键词是 scf_restart,当然,也有类似与castep中*.check的文件,扩展名记不得了,Help中肯定有
2.楼上有人问道,从.xsd ...

学习了
31楼2010-04-28 16:17:11
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zwz0902

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
Originally posted by njuswj at 2009-07-23 09:26:57:
今天用castep计算,不知怎么回事,电脑死机了,不得不重新启动,当时已经算了3天了,总不能白算,于是就在ms帮助文件里找了下,现在跟大家分享。。。
以下是ms帮助文件里的内容:

Restarting a CASTEP calcul ...

这个真的可以,我试过了。
32楼2011-04-19 11:55:24
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summerqr

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
13963028楼: Originally posted by njuswj at 2009-07-23 09:26:57:
今天用castep计算,不知怎么回事,电脑死机了,不得不重新启动,当时已经算了3天了,总不能白算,于是就在ms帮助文件里找了下,现在跟大家分享。。。
以下是ms帮助文件里的内容:

Restarting a CASTEP calcul ...

请问楼主,
知道如何设置可以使几何优化成功概率变大么?
谢谢
34楼2012-04-05 22:58:38
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k_now

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手啊,还有可以继续计算一说,看来许多东西有待发现
35楼2012-08-27 11:40:32
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Sleepybird

新虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

很有用啊。。。
36楼2015-01-23 16:02:38
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Sleepybird

新虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by yulifto at 2009-07-24 23:42:35
有个这样的文件-Trajectory.xtd,你继续在这个基础上算就可以了!

这个文件只有结构轨迹吗?应该只在优化几何结构的时候有作用吗?如果是还计算了其他的性质例如能带之类,这个文件也还管用吗?
37楼2015-05-07 11:32:12
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Sleepybird

新虫 (小有名气)


引用回帖:
23楼: Originally posted by njuswj at 2009-09-09 10:42:41
因为这个文件是隐藏的,你搜索的话需要从隐藏文件中搜索。
.../dsd/jobs/文件夹下...

.check文件不只是本来就在之前计算的目录下吗?只是隐藏而已,为什么说要复制粘贴到这个计算目录下呢?还请解惑啊!
38楼2015-05-07 11:34:19
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逗逗o小爱

新虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主 这个我怎么就不好用呢 也是保存 但会显示错误,还有那个.check文件是在C盘还是我计算的盘里啊
39楼2015-06-05 15:48:57
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匿名

用户注销 (小有名气)


本帖仅楼主可见
40楼2018-09-20 22:12:32
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郭同学

金虫 (著名写手)


从xsd计算,还真不一定可以,有可能得到错误的结果,希望29楼不要瞎说

发自小木虫Android客户端
41楼2018-09-21 00:28:18
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wuli87楼
2009-07-25 16:37   回复  
 
zdhlover9楼
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