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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 大侠，能帮我用squeeze程序解决掉溶解峰不？分享下过程
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xwnail2003

禁虫 (著名写手)
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1楼 2014-07-13 16:02:01
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
将ins文件导入platon点squeeze后，将产生的name_.HKL改名为你精修的hkl同名文件并覆盖，精修一轮后，将platon产生的name_SQF的squeeze详情复制张贴到新产生的cif最末行就可以了。
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
2楼2014-07-13 16:23:10
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xwnail2003: 金币+15, ★★★很有帮助 2014-07-13 22:06:00
LZ这个数据我看过N遍了，似乎你不断捣鼓这个数据是想学习解晶技术吧！
不多说了，看数据！
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  • 附件 1 : hj-z-10.zip
    • 2014-07-13 16:56:52, 2.25 M
以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
3楼2014-07-13 16:55:10
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xwnail2003: 金币+5 2014-07-13 22:14:07
楼主，我觉得你这个结构不能用squeeze，另外一部分好像是六氟磷酸离子，把它挤掉了，化合物电荷就不平了，另外的正电荷应该是分子中某个N原子被质子化掉了，不熟悉你的结构，没法判断，不过我解析的结构有两个B类错误，我也整不了
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  • 附件 1 : 11.rar
    • 2014-07-13 16:55:21, 975.24 K
以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
4楼2014-07-13 16:55:43
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gkmuse

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xwnail2003: 金币+5, ★有帮助 2014-07-13 22:14:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2014-07-13 16:55:43
楼主，我觉得你这个结构不能用squeeze，另外一部分好像是六氟磷酸离子，把它挤掉了，化合物电荷就不平了，另外的正电荷应该是分子中某个N原子被质子化掉了，不熟悉你的结构，没法判断，不过我解析的结构有两个B类错 ...

新手练习，仅供参考。

若是氯氟磷酸根的话，存在无序的。简单修修，就能降低R值的。

没有A，B类错误。无序squeeze，因为没有溶剂问题的。

checkCIF的结果如下：
Alert level C
RFACR01_ALERT_3_C  The value of the weighted R factor is > 0.25
            Weighted R factor given   0.306
PLAT041_ALERT_1_C Calc. and Reported SumFormula    Strings  Differ     Please Check
PLAT053_ALERT_1_C Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ...     Please Check
PLAT054_ALERT_1_C Medium  Crystal Dimension Missing (or Error) ...     Please Check
PLAT055_ALERT_1_C Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ...     Please Check
PLAT068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...     Please Check
PLAT077_ALERT_4_C Unitcell contains non-integer number of atoms ..     Please Check
PLAT084_ALERT_3_C High wR2 Value (i.e. > 0.25) ...................       0.31 Why ?
PLAT243_ALERT_4_C High  'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors of          F4 Check
PLAT340_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.0075 Ang.  
Alert level G
PLAT042_ALERT_1_G Calc. and Reported MoietyFormula Strings  Differ     Please Check
PLAT072_ALERT_2_G SHELXL First  Parameter in WGHT Unusually Large.       0.16 Why ?
PLAT154_ALERT_1_G The su's on the Cell Angles are Equal ..........    0.03000 Degree
PLAT199_ALERT_1_G Reported _cell_measurement_temperature ..... (K)        293 Check
PLAT200_ALERT_1_G Reported   _diffrn_ambient_temperature ..... (K)        293 Check
PLAT231_ALERT_4_G Hirshfeld Test (Solvent)   F4     --  F1      ..       17.7 su   
PLAT244_ALERT_4_G Low   'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors of          P1 Check
PLAT302_ALERT_4_G Anion/Solvent Disorder ............ Percentage =         16 Note  
PLAT720_ALERT_4_G Number of Unusual/Non-Standard Labels ..........          5 Note


楼主想学习的话，应该上原始数据，说明原料和溶剂，和自己解析的结果。
因为你让我浪费了，好长时间，猜那个八面体是什么东东，就不再费时间细说，我是如何处理了的。
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    • 2014-07-13 17:47:46, 2.55 M
C-H
5楼2014-07-13 17:52:50
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gkmuse

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gkmuse at 2014-07-13 17:52:50
新手练习，仅供参考。

若是氯氟磷酸根的话，存在无序的。简单修修，就能降低R值的。

没有A，B类错误。无序squeeze，因为没有溶剂问题的。

checkCIF的结果如下：
Alert level C
RFACR01_ALERT_3_C  The  ...

“若是氯氟磷酸根的话” 应为“若是六氟磷酸根的话”
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C-H
6楼2014-07-13 17:53:58
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gkmuse

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xwnail2003: 金币+5, ★有帮助 2014-07-13 22:19:38
引用回帖:
5楼: Originally posted by gkmuse at 2014-07-13 17:52:50
新手练习，仅供参考。

若是氯氟磷酸根的话，存在无序的。简单修修，就能降低R值的。

没有A，B类错误。无序squeeze，因为没有溶剂问题的。

checkCIF的结果如下：
Alert level C
RFACR01_ALERT_3_C  The  ...

新手练习，仅供参考。

之前的，加氢有问题。

Alert level C
RFACR01_ALERT_3_C  The value of the weighted R factor is > 0.25
            Weighted R factor given   0.304
PLAT053_ALERT_1_C Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ...     Please Check
PLAT054_ALERT_1_C Medium  Crystal Dimension Missing (or Error) ...     Please Check
PLAT055_ALERT_1_C Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ...     Please Check
PLAT068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...     Please Check
PLAT077_ALERT_4_C Unitcell contains non-integer number of atoms ..     Please Check
PLAT084_ALERT_3_C High wR2 Value (i.e. > 0.25) ...................       0.30 Why ?
PLAT243_ALERT_4_C High  'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors of          F4 Check
PLAT340_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............     0.0075 Ang.  
PLAT420_ALERT_2_C D-H Without Acceptor       N4     -   H4     ...     Please Check
Alert level G
PLAT007_ALERT_5_G Number of Unrefined Donor-H Atoms ..............          3 Why ?
PLAT042_ALERT_1_G Calc. and Reported MoietyFormula Strings  Differ     Please Check
PLAT072_ALERT_2_G SHELXL First  Parameter in WGHT Unusually Large.       0.16 Why ?
PLAT154_ALERT_1_G The su's on the Cell Angles are Equal ..........    0.03000 Degree
PLAT199_ALERT_1_G Reported _cell_measurement_temperature ..... (K)        293 Check
PLAT200_ALERT_1_G Reported   _diffrn_ambient_temperature ..... (K)        293 Check
PLAT231_ALERT_4_G Hirshfeld Test (Solvent)   F4     --  F1      ..       18.3 su   
PLAT244_ALERT_4_G Low   'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors of          P1 Check
PLAT302_ALERT_4_G Anion/Solvent Disorder ............ Percentage =         17 Note  
PLAT720_ALERT_4_G Number of Unusual/Non-Standard Labels ..........          5 Note  
PLAT793_ALERT_4_G The Model has Chirality at N1      .............          S Verify
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    • 2014-07-13 20:29:02, 2.6 M
C-H
7楼2014-07-13 20:29:22
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xwnail2003

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8楼2014-07-13 22:10:29
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xwnail2003

禁虫 (著名写手)
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9楼2014-07-13 22:12:53
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xwnail2003

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10楼2014-07-13 22:16:15
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