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sdnuzll金虫 (初入文坛)
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nwchem:task scf optimize 已有1人参与
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各位大虾，小妹最近刚开始学习nwchem，运行了examples里给的qmd中h2o-scf.nw改task为task scf optimize，出现了下面的错误 grad: scratch alloc failed 48333597 current input line : 41: task scf optimize ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ For more information see the NWChem manual at http://www.nwchem-sw.org/index.php/NWChem_Documentation For further details see manual section: Last System Error Message from Task 0:: Inappropriate ioctl for device 0:0:grad: scratch alloc failed:: 48333597 (rank:0 hostname:node1 pid:14826):ARMCI DASSERT fail. armci.c:ARMCI_Error():260 cond:0 0: ARMCI aborting 0 (0). 0: ARMCI aborting 0 (0). system error message: Invalid argument 有没有人知道是什么错误，怎么改 |
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2楼2014-08-16 11:22:34
sdnuzll
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
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- 性别: MM
- 专业: 生化分析及生物传感
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使用nwchem困难多多，能帮我看下这个问题吗？ 用qm/mm做动力学，输出文件由开始的 atom coordinates gradient x y z x y z 1 Li 0.000000 0.000000 18.636124 0.005466 0.000949 -0.007030 2 O 2.342822 -1.771483 -15.354033 0.011121 -0.009646 0.005947 3 H 1.106456 -0.444499 -14.740569 -0.013872 0.022380 0.002479 4 H 1.952188 -3.312149 -14.464895 -0.002526 -0.004838 -0.006080 5 O -0.612316 1.825524 -14.037520 0.003461 -0.014901 -0.006541 6 H -0.507252 2.727578 -12.408485 0.003863 0.007021 0.010092 7 H -2.345699 1.933562 -14.591228 0.000798 -0.001067 -0.000851 8 O -0.164542 4.313244 -9.592731 -0.008626 -0.003181 -0.005363 9 H -0.810780 3.755016 -7.981168 0.004446 -0.002104 0.000130 10 H 0.000000 6.125855 -9.465091 0.005700 0.002564 0.000586 变成 atom coordinates gradient x y z x y z 1 Li -1.122517 -0.472775 139.919967 -0.000004 -0.000032 0.000002 2 O 16.759796 -13.363799 ********** 0.004713 -0.003958 0.012128 3 H 16.042379 -11.805762 ********** -0.004820 0.008183 -0.007343 4 H 17.139576 -13.055927 ********** 0.000107 -0.004228 -0.004784 5 O -5.176383 14.046525 ********** -0.015292 -0.001156 -0.007835 6 H -5.130719 15.343895 ********** 0.002457 0.003242 0.004273 7 H -6.835613 14.076591 ********** 0.012833 -0.002084 0.003563 8 O -1.471080 32.603361 -70.743400 -0.003689 0.001025 0.000028 9 H -3.132862 32.317488 -70.059433 0.002053 -0.001000 0.000386 10 H -1.656437 33.959569 -71.946970 0.001637 -0.000025 -0.000414 nw"如下： start Li-3w memory 1 gb permanent_dir /tmp/perm scratch_dir /tmp/data print medium ECHO charge 1 prepare source Li-3w.pdb new_top new_seq new_rst modify segment 1 quantum modify segment 2 quantum modify segment 3 quantum modify segment 4 quantum center orient solvate box 3.0 update lists ignore write Li-3w_qmmm.pdb write Li-3w_qmmm.rst end task prepare md system Li-3w_qmmm step 0.001 equil 20000 data 10000 cutoff 0.9 isotherm isobar print step 10 stat 100 print step 10 stat 100 update pairs 10 record rest 100 record prop 100 sync 10 times 0 record coord 100 profile load pairs 10 size 0.75 test 10 end basis Li library aug-cc-pvdz O library aug-cc-pvdz H library aug-cc-pvdz end dft xc b3lyp mult 1 direct iterations 600 print medium end qmmm bq_zone 15.0 region qm solvent maxiter 25 300 ncycles 50 density espfit xyz foo link_atoms hydrogen end task qmmm dft energy task qmmm dft dynamics 初始结构和基组都改过，但不起作用。到底是什么原因？求指导！！！ |
3楼2014-09-02 16:44:31