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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 好纠结 关于真菌DGGE测序结果
汕头大学海洋科学接受调剂
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er66668888

铜虫 (初入文坛)

[求助] 好纠结 关于真菌DGGE测序结果 已有4人参与

用真菌18s特异的通用引物NS1/GCFUNG做土壤样品DNA的DGGE，条带拿去测序，共测了24条 就一条是壶菌 其余都是藻类和环节动物 我们是在土壤里有放养沙蚕的 最亮的那条条带测出来居然是沙蚕的 是引物不行还是真菌本来就很少啊 这结果还能用吗
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1楼 2014-07-02 18:52:01
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er66668888

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by ccdeweidao at 2014-07-05 16:31:22
我们实验室也做过土壤淤泥的真菌DGGE，用的也是这个引物，没出现你说的这个问题。你提DNA条带亮度以及上DGGE前跑琼脂糖电泳的条带亮度什么的正常吗...

提的DNA很暗 但扩增出来很亮 DGGE亮度也没问题
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12楼2014-07-07 18:53:10
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lhf903

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
土样没处理好，提的DNA代表性不行
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2楼2014-07-02 19:30:20
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er66668888

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lhf903 at 2014-07-02 19:30:20
土样没处理好，提的DNA代表性不行

那要怎么处理土样啊 我的是淤泥

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-07-02 22:15:35
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happy6

木虫 (著名写手)
18SrRNA基因本来就是真核生物就有的，不是只针对真菌的，建议楼主选用你想研究的真菌的特异性的引物去做实验。
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4楼2014-07-03 09:02:08
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