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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 30金求GROMACS中的甲醇的ITP文件
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buctwmppx

木虫 (著名写手)

[求助] 30金求GROMACS中的甲醇的ITP文件 已有1人参与

采用GROMACS计算过程用要用到甲醇，用prodrg转甲醇的PDB到ITP时，提示不能转换两个原子的情况，采用gromacs也无法直接生成ITP文件，敢问哪位高人有甲醇的ITP文件啊，急需。。。
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1楼 2014-07-01 18:08:51
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dkgmx

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
buctwmppx: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 解了大急了~多谢多谢！另外，能告知下这个是用什么软件算出来的吗？ 2014-07-02 09:11:33
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:04:27
这是个完整top文件，还要再删掉一部分
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  • 附件 1 : CH4O.itp
    • 2014-07-01 23:38:08, 5.55 K
坚持
2楼2014-07-01 23:44:19
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dkgmx

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:04:34
guassian加上ambertool可以算小分子top文件，不过我给的这文件是直接从网上下的，在这里http://virtualchemistry.org/gmld.php有些常见的小分子top文件。
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坚持
3楼2014-07-02 12:57:11
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buctwmppx

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dkgmx at 2014-07-02 12:57:11
guassian加上ambertool可以算小分子top文件，不过我给的这文件是直接从网上下的，在这里http://virtualchemistry.org/gmld.php有些常见的小分子top文件。

好的，谢谢哈～

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-07-02 22:00:14
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