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急求用MEGA做核酸的ka/ks的方法
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| 楼主有一批数据，是20个有差异的核苷酸序列，想计算核酸的同义和非同义替换，用MEGA做ka/ks。之前问过一个同学，他说的方法是将同义替换和非同义替换分别计算，然后把比值相除，最后再求平均。但有个问题是：有很多做分母的数值是0，这样除法就没有意义了。可是同学说分母为0的那种结果直接去掉就行了，只把有数据的结果求平均值就能得出这所有序列的ka/ks。但是楼主有个疑问，假如我这20条序列里有5个是一模一样的，那同义替换的值就是0，在最后计算ka/ks的时候岂不是将这些相同序列的值都排除掉了？还是说计算ka/ks时用的序列必须是都不相同的才行？求高手解答，谢谢！如果有具体的贴图就更完美了，追加金币。 |
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