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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 想在4倍体棉花里面扩一个基因，用雷蒙德氏棉花（2倍体，已完成测序）设计引物。。
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volcanozhao

新虫 (初入文坛)

[求助] 想在4倍体棉花里面扩一个基因，用雷蒙德氏棉花（2倍体，已完成测序）设计引物。。 已有1人参与

有很多contig     4倍体棉花里得到的。。比对后挑选了几个候选Gene。。
困惑的 问题 1
           ncbi blast比对时。。分别选择 核酸序列数据库Nucleotide collection和   四倍体棉花est数据库   比对时。。结果为什么不一样？而且没有重复的居然。
问题2
          2倍体雷蒙德氏棉已经测序。。。根据2倍体的CDs和cDNA设计引物。。拿4倍体棉cDNA 作为模板扩增，行不。。？
问题3
         我就是根据2倍体序列设计的。。。可是没有p出来。一周啦。。
         可是有人明明也是这样做就出来啦。。


越来越不相信  基因  PCR 这些东东了。。感觉。。咋这么难。。。唉。。。
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1楼 2014-06-27 17:26:01
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by volcanozhao at 2014-06-30 09:24:10
前辈，，给个数据库链接吧。。 http://cgp.genomics.org.cn/,文章中给的这个，只有雷蒙德氏的。。谢谢啦...

原始数据在NCBI上，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/?val=AYOE01#contigs，BLAST比对时选择tree cotton（taxid：29729）库
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6楼2014-06-30 11:55:07
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
volcanozhao: 金币+1, ★有帮助 2014-06-28 09:10:36
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-06-28 12:58:01
volcanozhao: 金币+4 2014-06-30 09:24:32
1.Blastn时，nr库与EST库不重，所以结果不一样。
2.现在另一个二倍体亚洲棉的测序也完成了，数据也可以下到，你也可以试下用这个做模板设计引物。
3.PCR的影响因素很多，不出结果也可能是模板或反应体系或程序的问题。
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2楼2014-06-27 23:54:42
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volcanozhao

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-06-27 23:54:42
1.Blastn时，nr库与EST库不重，所以结果不一样。
2.现在另一个二倍体亚洲棉的测序也完成了，数据也可以下到，你也可以试下用这个做模板设计引物。
3.PCR的影响因素很多，不出结果也可能是模板或反应体系或程序的问 ...

谢谢。木棉那个好像还没发表。。没找到。。
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3楼2014-06-28 09:11:06
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by volcanozhao at 2014-06-28 09:11:06
谢谢。木棉那个好像还没发表。。没找到。。...

已经发了Genome sequence of the cultivated cotton Gossypium arboreum，这个题目在nature genetics上。
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4楼2014-06-28 10:53:09
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