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happyzyf

铜虫 (小有名气)

[求助] VMD无法loadXDTCAR 已有1人参与

我用vasp5.2进行了MD计算,现在将POSCAR,CONTCAR和XDATCAR放在同一个文件夹中,用VMDload时显示无法load,程序提示ERROR:file‘E:MGao/MD/1200K/XDATCAR’ does not contain all coordinates of the atoms. ERROR > molecule_structure: Unable to read structure 1        ERROR> molecule_structure:sever indicated by plugin aborting loading of molecule 1
不知道是不是没有安装插件的原因,我想用vmd做动画的,在网上看到有vasp plugins for VMD,是不是只有VMD还不能做动画啊。。。
烦请各位大侠帮助~~~

VMD无法loadXDTCAR
图片1.png


VMD无法loadXDTCAR-1
图片2.png
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happyzyf

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by happyzyf at 2014-08-21 19:06:21
N    O    Mg                       
           1
     3.051048    0.000000    0.000000
     0.000000    3.051048    0.000000
     0.000000    0.000000    8.689464
    2   2   4
Direct configur ...

不过我用的是vasp5.2,结果没有Drect configuration那一行,如果上面改过得还不行的话,你试试去掉Direct configuration=1这一行,后面的Direct configuration也去掉,所在的行空着用来分割每一次产生的新的坐标
9楼2014-08-21 19:10:27
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
happyzyf: 金币+40, ★★★很有帮助, 开始没理解,最后证明确实是XDATCAR的格式问题~ 2014-06-27 15:17:39
检查下xdatcar有没有问题

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2014-06-21 07:23:24
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happyzyf

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2014-06-21 07:23:24
检查下xdatcar有没有问题

XDATCAR没有问题。我又看了一下error的提示信息,最后说是“sever indicated by plugin aborting loading of molecule 1
”缺少插件,不知道我都需要下载哪几个插件,我看网上有说“System requirements
Tutorials assume that following programs are installed on your system:
VMD 1.8.3 or newer
VASP plugins for VMD
Movie generation tools : ImageMagick, netpbm and ffmpeg
Rendering engines : POV-Ray, Raster3D
Hardware accelerated OpenGL
”,其中“VASP plugins for VMD”里面没说是什么插件。。。。。
3楼2014-06-21 16:38:43
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happyzyf

铜虫 (小有名气)


ben_ladeng: 金币+1, 谢谢分享经验 2014-06-27 23:02:54
已解决,格式问题而已~~
4楼2014-06-27 15:15:35
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