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happyzyf

铜虫 (小有名气)

[求助] VMD无法loadXDTCAR 已有1人参与

我用vasp5.2进行了MD计算，现在将POSCAR，CONTCAR和XDATCAR放在同一个文件夹中，用VMDload时显示无法load，程序提示ERROR：file‘E:MGao/MD/1200K/XDATCAR’ does not contain all coordinates of the atoms. ERROR > molecule_structure: Unable to read structure 1        ERROR> molecule_structure:sever indicated by plugin aborting loading of molecule 1
不知道是不是没有安装插件的原因，我想用vmd做动画的，在网上看到有vasp plugins for VMD，是不是只有VMD还不能做动画啊。。。
烦请各位大侠帮助~~~

VMD无法loadXDTCAR
图片1.png


VMD无法loadXDTCAR-1
图片2.png
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1楼 2014-06-20 16:08:18
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
happyzyf: 金币+40, ★★★很有帮助, 开始没理解，最后证明确实是XDATCAR的格式问题~ 2014-06-27 15:17:39
检查下xdatcar有没有问题

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2014-06-21 07:23:24
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happyzyf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2014-06-21 07:23:24
检查下xdatcar有没有问题

XDATCAR没有问题。我又看了一下error的提示信息，最后说是“sever indicated by plugin aborting loading of molecule 1
”缺少插件，不知道我都需要下载哪几个插件，我看网上有说“System requirements
Tutorials assume that following programs are installed on your system:
VMD 1.8.3 or newer
VASP plugins for VMD
Movie generation tools : ImageMagick, netpbm and ffmpeg
Rendering engines : POV-Ray, Raster3D
Hardware accelerated OpenGL
”，其中“VASP plugins for VMD”里面没说是什么插件。。。。。
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3楼2014-06-21 16:38:43
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happyzyf

铜虫 (小有名气)
★
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢分享经验 2014-06-27 23:02:54
已解决，格式问题而已~~
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4楼2014-06-27 15:15:35
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xiaowenzhi16

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by happyzyf at 2014-06-27 15:15:35
已解决，格式问题而已~~

请问在哪里改一下格式呢
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5楼2014-08-19 08:16:30
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happyzyf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaowenzhi16 at 2014-08-19 08:16:30
请问在哪里改一下格式呢...

你把第一行改成元素名称 空行删掉试试
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6楼2014-08-19 08:54:46
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xiaowenzhi16

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by happyzyf at 2014-08-19 08:54:46
你把第一行改成元素名称 空行删掉试试...

我用的是VASP5.3
XDATCAR显示如下
unknown system                          
           1
     3.051048    0.000000    0.000000
     0.000000    3.051048    0.000000
     0.000000    0.000000    8.689464
   N    O    Mg
   2   2   4
Direct configuration=     1
   0.50000000  0.00000000  0.62520081
   0.00000000  0.50000000  0.37479919
   0.00000000  0.50000000  0.87939497
   0.50000000  0.00000000  0.12060503
   0.50000000  0.00000000  0.87939842
   0.00000000  0.50000000  0.12060158
   0.00000000  0.50000000  0.62924788
   0.50000000  0.00000000  0.37075212
Direct configuration=     2
   0.50000000  0.00000000  0.62522550
   1.00000000  0.50000000  0.37477450
   0.00000000  0.50000000  0.87944467
   0.50000000  0.00000000  0.12055533
   0.50000000  0.00000000  0.87935303
   1.00000000  0.50000000  0.12064697
   1.00000000  0.50000000  0.62921269
   0.50000000  1.00000000  0.37078731
Direct configuration=     3
   0.50000000  1.00000000  0.62527636
   0.00000000  0.50000000  0.37472364
   0.00000000  0.50000000  0.87953701
   0.50000000  1.00000000  0.12046299
   0.50000000  0.00000000  0.87926510
   0.00000000  0.50000000  0.12073490
   0.00000000  0.50000000  0.62914416
   0.50000000  0.00000000  0.37085584
Direct configuration=     4
不知如何改
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7楼2014-08-19 10:00:53
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happyzyf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaowenzhi16 at 2014-08-19 10:00:53
我用的是VASP5.3
XDATCAR显示如下
unknown system                          
           1
     3.051048    0.000000    0.000000
     0.000000    3.051048    0.000000
     0.000000    0.000000     ...

N    O    Mg                       
           1
     3.051048    0.000000    0.000000
     0.000000    3.051048    0.000000
     0.000000    0.000000    8.689464
    2   2   4
Direct configuration=     1  
   0.50000000  0.00000000  0.62520081
   0.00000000  0.50000000  0.37479919
   0.00000000  0.50000000  0.87939497
   0.50000000  0.00000000  0.12060503
   0.50000000  0.00000000  0.87939842
后面不变，你试试
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8楼2014-08-21 19:06:21
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happyzyf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by happyzyf at 2014-08-21 19:06:21
N    O    Mg                       
           1
     3.051048    0.000000    0.000000
     0.000000    3.051048    0.000000
     0.000000    0.000000    8.689464
    2   2   4
Direct configur ...

不过我用的是vasp5.2，结果没有Drect configuration那一行，如果上面改过得还不行的话，你试试去掉Direct configuration=1这一行，后面的Direct configuration也去掉，所在的行空着用来分割每一次产生的新的坐标
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9楼2014-08-21 19:10:27
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