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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 模拟离子液体时离子对的3d结构能直接从pubchem等数据库下载吗？
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amo11000

金虫 (小有名气)

[求助] 模拟离子液体时离子对的3d结构能直接从pubchem等数据库下载吗？ 已有2人参与

各位高人：
小弟最近在学习模拟离子液体[BMIM]+[PF6]-，但不知道离子对[BMIM]+[PF6]-的初始结构是怎么来的。看了很多文献，一般是通过Gaussian软件绘制后经优化获得，但小弟发现许多数据库中已经有了这些离子对的3d结构，可不可用直接从pubchem等数据库下载后直接用于模拟呢？这样免去了自己绘制的麻烦。

殷切盼望各位高人的解答。

谢谢！
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1楼 2014-06-20 10:11:01
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amo11000

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-06-20 11:11:07
直接模拟应该没有什么大问题。其优势构像主要是由力场决定。最关键的还是要有合适的力场常数。

谢谢

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4楼2014-06-21 08:28:46
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amo11000(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流！ 2014-06-21 14:14:19
直接模拟应该没有什么大问题。其优势构像主要是由力场决定。最关键的还是要有合适的力场常数。
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戒微博
2楼2014-06-20 11:11:07
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beeMD

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amo11000(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-21 14:14:25
http://www.beemd.org/default/example3_ils.html
这有例子，力场可以通过parachem
https://www.paramchem.org/simulationLinks.php
生成

BeeMD开发团队
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2014-06-20 13:15:09
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amo11000

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by beeMD at 2014-06-20 13:15:09
http://www.beemd.org/default/example3_ils.html
这有例子，力场可以通过parachem
https://www.paramchem.org/simulationLinks.php
生成

BeeMD开发团队

可用于gromacs吗？收费吗？

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5楼2014-06-21 08:29:54
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