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lgs1

木虫 (小有名气)

[求助] 蛋白IPI号和uniprot Accession的转换已有3人参与

请问知道了蛋白的IPI号怎么转换成其对应的uniprot accession呢?貌似IPI的网站已经停止运行了,只有ftp站点还在,需要什么软件么?谢谢
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lgs1(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-20 10:34:30
Uniprot,GO,GenBank,IPI等ID的一一对应  见下文;

http://zhangjian995.blog.163.com ... 433201103105724780/
人生贵在行动,迟疑不决时,不妨先迈出小小一步。
2楼2014-06-19 12:45:36
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lgs1(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-20 10:34:19
lgs1: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢 2014-06-21 11:20:57
http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/这个更好一些,还可以编程访问
http://www.uniprot.org/mapping/
3楼2014-06-20 06:29:31
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lgs1

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-20 06:29:31
http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/这个更好一些,还可以编程访问
http://www.uniprot.org/mapping/

你好,我想问一下我在uniprotKB上搜一个蛋白P04196结果显示这个蛋白是有GO注释的,但是我在PANTHER数据库里面搜这个蛋白就没有对应的GO注释,PANTHER和GO两个数据库不是相连的么,我有点搞不懂,能不能帮我看看是什么问题,谢谢
4楼2014-06-21 14:38:10
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-06-22 00:56:30
SwissProt都是人工编辑的,可靠度很高。
再说你给的那个P04196,它GO的来源都是文章和reactome,没有你说的panther,那可能就是panther没有这个信息
5楼2014-06-21 23:42:51
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guobingqian

铜虫 (初入文坛)

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我也遇到了同样的问题,请问你现在是怎么转换的?谢谢!
6楼2014-07-29 15:11:14
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guobingqian

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2014-06-19 12:45:36
Uniprot,GO,GenBank,IPI等ID的一一对应  见下文;

http://zhangjian995.blog.163.com/blog/static/23116433201103105724780/

好像没有IPI与uniprot之间的转换,或者我没有找到,能说的更详细一点吗
7楼2014-07-29 15:13:20
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lgs1

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by guobingqian at 2014-07-29 15:13:20
好像没有IPI与uniprot之间的转换,或者我没有找到,能说的更详细一点吗
?...

可以直接在uniprot里面用IPI号搜,但是因为IPI很久没有更新了,所以会出现一些没有对应编号的现象
8楼2014-07-30 15:17:25
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