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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 蛋白IPI号和uniprot Accession的转换
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lgs1

木虫 (小有名气)

[求助] 蛋白IPI号和uniprot Accession的转换 已有3人参与

请问知道了蛋白的IPI号怎么转换成其对应的uniprot accession呢？貌似IPI的网站已经停止运行了，只有ftp站点还在，需要什么软件么？谢谢
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1楼 2014-06-18 21:23:19
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
lgs1(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-20 10:34:30
Uniprot,GO,GenBank,IPI等ID的一一对应  见下文;

http://zhangjian995.blog.163.com ... 433201103105724780/
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
2楼2014-06-19 12:45:36
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lgs1(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-20 10:34:19
lgs1: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢 2014-06-21 11:20:57
http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/这个更好一些，还可以编程访问
http://www.uniprot.org/mapping/
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3楼2014-06-20 06:29:31
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lgs1

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-20 06:29:31
http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/这个更好一些，还可以编程访问
http://www.uniprot.org/mapping/

你好，我想问一下我在uniprotKB上搜一个蛋白P04196结果显示这个蛋白是有GO注释的，但是我在PANTHER数据库里面搜这个蛋白就没有对应的GO注释，PANTHER和GO两个数据库不是相连的么，我有点搞不懂，能不能帮我看看是什么问题，谢谢
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4楼2014-06-21 14:38:10
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-22 00:56:30
SwissProt都是人工编辑的，可靠度很高。
再说你给的那个P04196，它GO的来源都是文章和reactome，没有你说的panther，那可能就是panther没有这个信息
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5楼2014-06-21 23:42:51
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guobingqian

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我也遇到了同样的问题，请问你现在是怎么转换的？谢谢！
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6楼2014-07-29 15:11:14
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guobingqian

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2014-06-19 12:45:36
Uniprot,GO,GenBank,IPI等ID的一一对应  见下文;

http://zhangjian995.blog.163.com/blog/static/23116433201103105724780/

好像没有IPI与uniprot之间的转换，或者我没有找到，能说的更详细一点吗
？
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7楼2014-07-29 15:13:20
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lgs1

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by guobingqian at 2014-07-29 15:13:20
好像没有IPI与uniprot之间的转换，或者我没有找到，能说的更详细一点吗
？...

可以直接在uniprot里面用IPI号搜，但是因为IPI很久没有更新了，所以会出现一些没有对应编号的现象
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8楼2014-07-30 15:17:25
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