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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】自由边界条件
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yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢建议
lz还是要慢慢看看分子模拟理论书籍,不要太急功近利!这样是有很大的好处!
"程序中的盒子是虚构出来的，实际是粒子占据的空间，表示为粒子的坐标，也就是说没有粒子的盒子是不存在的，有粒子才称为“盒子”"
很难理解你这句话,假如你的模拟盒子的边长是100*100*100,中间只有两个粒子,难到你理解为没粒子的地方,盒子就没有吗?不一定要粒子充满了盒子才叫盒子
实际上在md中,盒子的大小你人为控制的.关于npt系综你可以看看分子模拟中关于恒压条件的原理
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21楼2008-04-10 08:57:54
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honghuzlj

木虫 (著名写手)
ls,说的甚是有理，道理没有不懂的，与其空洞理论，不如给些材料或者正解来的实际，更有帮助
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22楼2008-04-11 21:28:33
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honghuzlj

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
说实在的，Classical MD 整个过程的基础知识，不过就那么点东西，问题就在于能否对症下药，也就是说手头有没有这方面的资料，进行学习整合，化为己用。我敢断言，如果这些我都搞会的话，在一个星期之内就可手把手的教会师弟，然而自己摸索，我不知别人能力有多高，抑或专业有多对口，自己一个人摸索前进，浪费的不过是时间而已。想想如果基础的东西都不会，如何读懂别人的paper,又如何有自己的创新点呢。其实我在本论坛发的问题，都是最基础的知识，包括自由边界条件、NPT等系综，以及origin和VMD等软件如何使用，最直接的目的是希望得到相关的解答。因为能提出这些问题，是实在花了太多时间在上面。能读研究生，内心的自信自然存在，否则，趁早另谋出路啦。
哈哈，火星了一把，还请大牛们多多包涵，也希望懂得相应问题的大牛们不吝赐教，让学弟们能快乐的成长，谢谢。
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23楼2008-04-11 21:43:46
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honghuzlj

木虫 (著名写手)
共有210多个人看本帖，除去我自己的回贴，竟然没有几个人回帖啊？
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24楼2008-04-14 09:28:16
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cyyn2008cn

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
spur(金币+3,VIP+0):感谢参与！！
我现在也碰到了这个困难，原理我也能理解，但由于是修改别人的程序，盒子的体积在计算力和预测校正时都要用到很多次，如果我单单修改盒子长度，把原子放在盒子中一部分，另一部分留空的话，会带来很多麻烦，我的想法是，在用到真实盒子体积时使用一个参数，而在使用边界条件时用另一个，正在实施过程中，不知道还能不能搞定，最好有高手能给点指点。多谢
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25楼2008-07-12 01:38:12
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honghuzlj

木虫 (著名写手)
恩，好想法，加油啊，
对了，能不能将你的程序发给我一份啊
我也看看，想想
多谢
zhaolongjiang@bit.edu.cn
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26楼2008-07-15 15:01:29
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zjlhjun

金虫 (小有名气)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):感谢参与！
呵呵，你自写程序跟本不要这么做，你想那个方向不加周期性条件都可以。你去理解下周期性条件是什么意思就可以了，我看你是想复杂了。如果是别人的程序，为了不修改原代码，已经有人帮你回答了，留多一些空间就是了，但也有的不是这样做的，直接可以不加周期性条件。
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27楼2008-07-27 20:09:00
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junliangh

啊磊真的是不厌其烦啊！：）
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28楼2008-08-11 18:27:56
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cyyn2008cn

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by honghuzlj at 2008-7-15 15:01:
恩，好想法，加油啊，
对了，能不能将你的程序发给我一份啊
我也看看，想想
多谢
zhaolongjiang@bit.edu.cn

其实挺简单，好久没来这里了，我的程序早在发帖后几天已经实现了，程序不在手上，如果你还需要的再给你发。
用一个大盒子来归一化原子的真实坐标就可以了，不过现在偶然会碰到很少原子从自由边界移动到本来没有原子的位置，只好把这些原子忽略了
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29楼2008-09-01 23:34:38
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