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honghuzlj

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】自由边界条件

请问自由边界条件怎么讲,比方说如果把z方向用自由边界条件,x.y方向用周期性边界条件,是否就是说,不把z方向定为周期性边界,那z自然就为自由边界?
否则,自由边界条件的Fortran代码如何编写?谢谢

[ Last edited by lei0736 on 2008-3-25 at 22:38 ]
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honghuzlj

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
说实在的,Classical MD 整个过程的基础知识,不过就那么点东西,问题就在于能否对症下药,也就是说手头有没有这方面的资料,进行学习整合,化为己用。我敢断言,如果这些我都搞会的话,在一个星期之内就可手把手的教会师弟,然而自己摸索,我不知别人能力有多高,抑或专业有多对口,自己一个人摸索前进,浪费的不过是时间而已。想想如果基础的东西都不会,如何读懂别人的paper,又如何有自己的创新点呢。其实我在本论坛发的问题,都是最基础的知识,包括自由边界条件、NPT等系综,以及origin和VMD等软件如何使用,最直接的目的是希望得到相关的解答。因为能提出这些问题,是实在花了太多时间在上面。能读研究生,内心的自信自然存在,否则,趁早另谋出路啦。
哈哈,火星了一把,还请大牛们多多包涵,也希望懂得相应问题的大牛们不吝赐教,让学弟们能快乐的成长,谢谢。
23楼2008-04-11 21:43:46
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与,欢迎您常来计算模拟版!
所谓自由边界条件就是取无限大真空层 实际操作起来就是将Z方向的盒子取得比你的原子位置的最大最小值大很多或小很多 保证Z方向的表面不跟上下盒子相互作用即可
取原子位置最大值的100 ,1000倍都可以 如果作用力不是长程的话 取10倍足够了
2楼2008-03-25 22:38:26
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honghuzlj

木虫 (著名写手)

zzgyb(金币+0,VIP+0):不明白,应该说出你不明白的地方,这样别人就更有针对性的回答你
谢谢你,可是我还是不明白啊
3楼2008-03-25 23:08:57
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lei0736

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★ ★ ★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与,欢迎您常来计算模拟版!
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与,欢迎您常来计算模拟版!
晕 看来你的基本概念还需要加强
比如说原子占据的是10X10X10的立方盒子大小
那么对于模拟盒子 XY方向长度就取10 保证周期边界
Z方向取大于10 具体大多少看你的作用势范围
一般取50或者100是足够了 你要取1000当然更可以
那么Z方向是不是有很大的真空层?
这样就实现了Z方向的自由边界条件
够清楚不?
4楼2008-03-26 09:12:45
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