| 查看: 5726 | 回复: 23 | ||||||
qq364085265金虫 (著名写手)
|
[交流]
分子动力学模拟的时间、体系大小和温度的争议问题！！
|
|||||
|
大家好，现在做分子动力学模拟已经有一段时间了，但是每次出去开会或者与做传统实验的老师讨论的时候，都会遇到以下几个问题争论很久，希望大家多多交流，给予指导和帮助。 1、分子动力学模拟的时间 主要是质疑时间尺度太短ps级，顶多ns，这与真实实验时间差距很大，不能说明和指导实验中的一些反应过程和实验结果。 2、体系大小 主要是质疑聚合物的模型，我们一般选取几百个聚合度，几十个聚合度甚至更小的理论模型进行计算，然而现实体系至少是上万个聚合度甚至上百万，还有分子间缠绕和相互作用，因此模拟中使用这么一点片段感觉以偏概全，不能表现出实际聚合物材料的性质。 3、模拟温度 目前模拟一些化学反应，为了能在模拟的短时间尺度范围内观察到较完整的反应过程，我们（参考过许多国内外文献）通常选用较高温度，如1000K,2000甚至更高来加速分子模型的反应。主要被质疑的原因很明显了，温度太高，某些现实实验中达到这个温度就瞬间融化或者是去原有性质，已经没有意义了。 目前我一般这样跟他们解释： 1、关于模拟时间，我们使用分子模拟的这样一种方法就是为了观察到分子振动过程以及一些实验中难以观测到的微观变化，这些微观变化都是发生在极短时间内的，因此。。。。。。 2、关于体系大小，如果要建立与实际体系相当的理论模型，第一，计算量太大不现实；第二研究局部微观反应机理时，模型太大反而不利于模拟结果的观察和分析，从分子模型角度来说，选取聚合物中的某一片段来代替实际体系也能在一定程度上指导实验； 3、关于温度，因为分子动力学模拟是研究极短时间范围内分子的构象变化和反应过程，为了能使之在这么短的时间内发生反应，只能提供高温，以高能量促使反应加速，并且已有文献表明这样的高温不会导致反应路径发生变化。并且能拟合出与实验数据相当的阿罗尼乌斯动力学曲线。 但即使这样跟他们解释了，还是得不到认可，我个人觉得任何一种研究方法都有其优点和局限性，不能拿我们分子模拟的缺点跟实验的优点相比较，分子模拟在微观角度确实可以提供更深层次的理解和指导作用。希望大家踊跃交流，为分子模拟研究方法提供更多更好的论证和理论基础。谢谢！！！  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 interested | 第一性原理 | 高分子的黏弹性 |
» 猜你喜欢
国自然面上和省基金B类撒花
已经有16人回复
-
有没有学校收留
已经有3人回复
-
312求调剂
已经有3人回复
-
华师大读博
已经有5人回复
-
又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗
已经有5人回复
-
急需审稿人！！！
已经有3人回复
-
申博/考博
已经有8人回复
-
295分求调剂
已经有6人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有6人回复
-
有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- [求助]分子动力学模拟里的系综和温度计算
已经有6人回复
- ansys热力学温度应力问题
已经有9人回复
- 硅纳米管在MS中的discover模块进行不同温度下的动力学分析 和 在lammps下的计算
已经有3人回复
- 谁能告诉我一下用分子动力学怎么计算能量和温度，谢谢了啊
已经有7人回复
- 耗散粒子动力学中珠子体积大小的不同
已经有5人回复
- 【求助】分子动力学中体系温度不断增加?
已经有16人回复
- 【求助】用分子动力学观点分析 晶体熔化为何除保持一定温度外还需提供一定热量？
已经有6人回复
tawfischer
木虫 (小有名气)
- 应助: 23 (小学生)
- 金币: 1684.4
- 红花: 3
- 帖子: 152
- 在线: 68小时
- 虫号: 1967997
- 注册: 2012-09-01
- 专业: 理论和计算化学
13楼2014-06-15 21:12:06
★
qq364085265(金币+1): 谢谢参与
qq364085265(金币+1): 谢谢参与
|
|
2楼2014-06-13 09:54:34
邴绍所
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 11990.6
- 散金: 1405
- 红花: 38
- 沙发: 6
- 帖子: 12887
- 在线: 891.4小时
- 虫号: 1912183
- 注册: 2012-07-26
- 专业: 功能与智能高分子
3楼2014-06-13 10:01:06
ym23
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.186
- 金币: 9769.9
- 散金: 690
- 红花: 10
- 帖子: 1462
- 在线: 258.8小时
- 虫号: 837382
- 注册: 2009-08-31
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2014-06-13 10:22:54
|
|
5楼2014-06-13 10:27:26
|
|
6楼2014-06-13 12:17:18
7楼2014-06-13 13:43:22
你怎么了？
木虫 (正式写手)
- 应助: 65 (初中生)
- 金币: 4355.2
- 散金: 178
- 红花: 11
- 帖子: 815
- 在线: 363.3小时
- 虫号: 1836091
- 注册: 2012-05-27
- 性别: GG
- 专业: 机械摩擦学与表面技术
8楼2014-06-13 22:14:01
|
|
9楼2014-06-13 22:28:59
 |
10楼2014-06-14 21:54:11
5