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于小歪

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 求助软件，谢谢 已有2人参与

求大神告诉我.fastq数据用什么软件打开处理（带个下载链接，谢谢），还有.stat和.ps，万分感谢
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1楼 2014-06-11 10:38:17
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
于小歪(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-13 16:40:33
fastq看你要做什么了，比如QC，assembly, 格式转换等
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2楼2014-06-13 07:39:13
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于小歪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-13 07:39:13
fastq看你要做什么了，比如QC，assembly, 格式转换等

我是蛋白质高通量测序后得到的表达谱，我想通过不同样本的表达谱，比较不同样本的基因表达的差异，你会吗？？万分感谢
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3楼2014-06-13 10:16:57
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-07-30 11:23:55
引用回帖:
3楼: Originally posted by 于小歪 at 2014-06-13 10:16:57
我是蛋白质高通量测序后得到的表达谱，我想通过不同样本的表达谱，比较不同样本的基因表达的差异，你会吗？？万分感谢...

听上去可以用cufflink，当然Quality Control这步不可省。
推荐你用usegalaxy.org， 不需要安装软件，唯一不好的地方就是你的数据要上传到别人的服务器上面。
Galaxy在NGS中应用很多，现成的教材也很多
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-06-13 23:37:39
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于小歪

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-13 23:37:39
听上去可以用cufflink，当然Quality Control这步不可省。
推荐你用usegalaxy.org， 不需要安装软件，唯一不好的地方就是你的数据要上传到别人的服务器上面。
Galaxy在NGS中应用很多，现成的教材也很多...

我现在只有测序后的原始数据，你能具体点告诉我一步步怎么做吗？我是真心不会，万分感谢

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5楼2014-06-13 23:48:59
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jiyangz

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-07-30 11:23:58
我从cufflinks软件分析得到了大量结果，但是结果只是标注了位置，我想再找回基因原本的fastq格式文件。。。。。。我该怎么找回？？急求！

如何快速的把基因的大量的物理位置转换为fastq格式文件，用什么软件或脚本？？？
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6楼2014-07-30 10:39:18
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