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lisufan

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问什么软件可以做出phylip或者nexus格式的进化树? 已有2人参与

大家谁知道什么软件可以做出phylip或者nexus格式的进化树啊,想用在PAMLX里,MEGA和jalview只能得到newick格式的树,不能用啊,求解求解!
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很纯很暧昧哲

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-11 03:55:06
phylip肯定可以生成phylip格式的啊
一些进化软件的列表,看http://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html

层主,有个问题想问问您。就是测序公司给了一堆文件,然后我想选择丰富度前200的OTU来绘制进化树,怎么得到这个NEWICK格式的文件,然后我再导入到另一个可视化进化树编辑软件中。主要是那个文件怎么获取,里面只是我自己选择的那200个OTU或者100个属的细菌
7楼2016-10-12 20:19:36
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lisufan: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-11 09:09:46
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-06-11 12:28:42
phylip肯定可以生成phylip格式的啊
一些进化软件的列表,看http://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html
2楼2014-06-11 03:55:06
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lisufan

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-11 03:55:06
phylip肯定可以生成phylip格式的啊
一些进化软件的列表,看http://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html

谢楼下,这么多的软件真是亮瞎了我的双眼,谢谢了,不过,phylip能用N-J法建树吗?
3楼2014-06-11 09:09:37
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
3楼: Originally posted by lisufan at 2014-06-11 09:09:37
谢楼下,这么多的软件真是亮瞎了我的双眼,谢谢了,不过,phylip能用N-J法建树吗?...

I have not used phylip much before, so not sure about this. guess so though
4楼2014-06-11 18:13:26
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