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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请问什么软件可以做出phylip或者nexus格式的进化树？
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lisufan

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问什么软件可以做出phylip或者nexus格式的进化树？ 已有2人参与

大家谁知道什么软件可以做出phylip或者nexus格式的进化树啊，想用在PAMLX里，MEGA和jalview只能得到newick格式的树，不能用啊，求解求解！
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1楼 2014-06-11 00:43:56
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lisufan: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-11 09:09:46
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-06-11 12:28:42
phylip肯定可以生成phylip格式的啊
一些进化软件的列表，看http://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html
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2楼2014-06-11 03:55:06
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lisufan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-11 03:55:06
phylip肯定可以生成phylip格式的啊
一些进化软件的列表，看http://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html

谢楼下，这么多的软件真是亮瞎了我的双眼，谢谢了，不过，phylip能用N-J法建树吗？
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3楼2014-06-11 09:09:37
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by lisufan at 2014-06-11 09:09:37
谢楼下，这么多的软件真是亮瞎了我的双眼，谢谢了，不过，phylip能用N-J法建树吗？...

I have not used phylip much before, so not sure about this. guess so though
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4楼2014-06-11 18:13:26
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

记得论坛上有人发过一个小绘图软件 FIGTREE 不用安装直接打开后再另存为目的格式文件就可以了
（貌似）
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5楼2014-06-25 16:15:09
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很纯很暧昧哲

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lisufan at 2014-06-11 09:09:37
谢楼下，这么多的软件真是亮瞎了我的双眼，谢谢了，不过，phylip能用N-J法建树吗？...

楼主，有个问题想问问您。就是测序公司给了一堆文件，然后我想选择丰富度前200的OTU来绘制进化树，怎么得到这个NEWICK格式的文件，然后我再导入到另一个可视化进化树编辑软件中。主要是那个文件怎么获取
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6楼2016-10-12 20:18:12
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很纯很暧昧哲

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-11 03:55:06
phylip肯定可以生成phylip格式的啊
一些进化软件的列表，看http://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html

层主，有个问题想问问您。就是测序公司给了一堆文件，然后我想选择丰富度前200的OTU来绘制进化树，怎么得到这个NEWICK格式的文件，然后我再导入到另一个可视化进化树编辑软件中。主要是那个文件怎么获取，里面只是我自己选择的那200个OTU或者100个属的细菌
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7楼2016-10-12 20:19:36
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