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wangyulinup金虫 (正式写手)
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[求助]
请问各位，为什么我用dl_poly4模拟计算的碳酸钙水体系如此之慢？
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各位前辈： 大家好，我用dl_poly4模拟计算的碳酸钙水体系计算速度最快为每天6000步，而其他师兄师姐则起码每天2,3万步，小弟实在找不到原因，恳请各位前辈大神高人出手相助。我计算的体系及模拟控制参数信息如下： 1. 计算速度（列了4个作业）： ①. 2*7Ca7CO3+6000w的体系（作业号24298）两天计算了8900步；其中2*7Ca7CO3+6000w指两个7Ca7CO3的团簇与6000w 的体系（后三个作业，不再赘述） ②. 1*10Ca10CO3+6000w的体系（作业号20768）两天计算了11700步； ③. 1*9Ca9CO3+6000w的体系（作业号1940）三天计算了14000步； ④. 1*8Ca8CO3+6000w的体系（作业号2200）三天计算了13100步； 2. 计算研究对象及体系 研究对象为碳酸钙水溶液 ，模拟体系 为 2*7Ca7CO3+6000w，1*10Ca10CO3+6000w的体系，1*9Ca9CO3+6000w，1*8Ca8CO3+6000w的体系 等等 3. 模拟用 dl_poly_4软件包，三维周期性边界条件，盒子大小用packmol产生，大约为57 埃。 4. 模拟控制参数以一个体系的 control 文件为例列举如下，其它体系大致一致。 10Ca10CO3,6000W temperature 298.15 pressure 0.001 ensemble npt hoover 0.1 0.5 integrat velocity steps 1000000 equilibration 400000 mult 1 scale 5 stats 20 rdf 10 print rdf # traj 200001 200 0 optim force 1.0 densvar 30 timestep 0.001 cutoff 27.0 ewald precision 1.0E-5 minimise energy 300 5.0E-05 shake 1.0E-8 mxshak 800 quaternion tolerance 1.0E-05 job time 99999999999999.0 close time 300000.0 finish 5. field 中采用约束性模拟，即对一部分原子距离进行固定。原子间的相互作用采用 LJ 势与Buck 势相结合，具体以一个field为例列举如下，其它体系大致一致。 10Ca10CO3,6000W UNITS eV molecules 2 10Ca10CO3 NUMMOLS 1 ATOMS 50 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CCa 12.00 1.123282 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 OCa 15.80 -1.041094 Ca2+ 40.10 2.000000 CONSTRAINTS 48 1 2 1.284 1 3 1.284 1 4 1.284 3 5 2.450 6 7 1.284 6 8 1.284 6 9 1.284 7 5 2.450 8 10 2.450 11 12 1.284 11 13 1.284 11 14 1.284 10 12 2.450 14 15 2.450 16 17 1.284 16 18 1.284 16 19 1.284 17 15 2.450 18 20 2.450 21 22 1.284 21 23 1.284 21 24 1.284 24 20 2.450 23 25 2.450 26 27 1.284 26 28 1.284 26 29 1.284 27 25 2.450 28 30 2.450 31 32 1.284 31 33 1.284 31 34 1.284 30 32 2.450 34 35 2.450 36 37 1.284 36 38 1.284 36 39 1.284 37 35 2.450 38 40 2.450 41 42 1.284 41 43 1.284 41 44 1.284 40 44 2.450 43 45 2.450 46 47 1.284 46 48 1.284 46 49 1.284 47 45 2.450 FINISH SPC WATER NUMMOLS 6000 ATOMS 3 OW 15.9994000 -0.84760000 HW 1.00797000 0.42380000 HW 1.00797000 0.42380000 CONSTRAINTS 3 1 2 1.00 1 3 1.00 2 3 1.63299 FINISH VDW 8 Ca2+ Ca2+ LJ 0.450000000 2.3610000 Ca2+ OW LJ 0.00100000 3.2500000 OW OW LJ 0.0070576 3.16435 Ca2+ OCa buck 3161.6335 0.271511 0.0000 Ca2+ CCa buck 120000000.0 0.120000 0.0000 OCa OCa buck 63840.199 0.198913 27.899008 OCa OW buck 12534.455133 0.215172 12.090225 OCa HW buck 396.320957 0.230006 0.000000 CLOSE 恳请各位大贤帮小弟分析下我计算如此缓慢的原因，小弟将万分感激！！ |
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