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wangyulinup

金虫 (正式写手)

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专业: 环境污染化学

[求助] 请问各位，为什么我用dl_poly4模拟计算的碳酸钙水体系如此之慢？

各位前辈：
   大家好，我用dl_poly4模拟计算的碳酸钙水体系计算速度最快为每天6000步，而其他师兄师姐则起码每天2,3万步，小弟实在找不到原因，恳请各位前辈大神高人出手相助。我计算的体系及模拟控制参数信息如下：
1. 计算速度（列了4个作业）：
①. 2*7Ca7CO3+6000w的体系（作业号24298）两天计算了8900步；其中2*7Ca7CO3+6000w指两个7Ca7CO3的团簇与6000w 的体系（后三个作业，不再赘述）
②. 1*10Ca10CO3+6000w的体系（作业号20768）两天计算了11700步；
③. 1*9Ca9CO3+6000w的体系（作业号1940）三天计算了14000步；
④. 1*8Ca8CO3+6000w的体系（作业号2200）三天计算了13100步；
2. 计算研究对象及体系
研究对象为碳酸钙水溶液，模拟体系为 2*7Ca7CO3+6000w，1*10Ca10CO3+6000w的体系，1*9Ca9CO3+6000w，1*8Ca8CO3+6000w的体系等等
3. 模拟用 dl_poly_4软件包，三维周期性边界条件，盒子大小用packmol产生，大约为57 埃。
4. 模拟控制参数以一个体系的 control 文件为例列举如下，其它体系大致一致。
10Ca10CO3,6000W

temperature 298.15
pressure       0.001

  ensemble npt hoover 0.1 0.5

  integrat velocity
  steps  1000000
  equilibration 400000
  mult  1
  scale 5
  stats 20
  rdf 10
  print rdf
  # traj 200001 200 0

  optim force 1.0

  densvar 30

  timestep 0.001
  cutoff 27.0

  ewald precision 1.0E-5

  minimise energy 300 5.0E-05

  shake 1.0E-8
  mxshak  800
  quaternion tolerance  1.0E-05
  job time    99999999999999.0
  close time    300000.0

  finish

5. field 中采用约束性模拟，即对一部分原子距离进行固定。原子间的相互作用采用 LJ 势与Buck 势相结合，具体以一个field为例列举如下，其它体系大致一致。
10Ca10CO3,6000W
UNITS eV
molecules 2
10Ca10CO3
NUMMOLS    1
ATOMS       50
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CCa    12.00       1.123282
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
OCa    15.80       -1.041094
Ca2+    40.10       2.000000
CONSTRAINTS  48
1    2 1.284
1    3 1.284
1    4 1.284
3    5 2.450
6    7 1.284
6    8 1.284
6    9 1.284
7    5 2.450
8 10 2.450
11 12 1.284
11 13 1.284
11 14 1.284
10 12 2.450
14 15 2.450
16 17 1.284
16 18 1.284
16 19 1.284
17 15 2.450
18 20 2.450
21 22 1.284
21 23 1.284
21 24 1.284
24 20 2.450
23 25 2.450
26 27 1.284
26 28 1.284
26 29 1.284
27 25 2.450
28 30 2.450
31 32 1.284
31 33 1.284
31 34 1.284
30 32 2.450
34 35 2.450
36 37 1.284
36 38 1.284
36 39 1.284
37 35 2.450
38 40 2.450
41 42 1.284
41 43 1.284
41 44 1.284
40 44 2.450
43 45 2.450
46 47 1.284
46 48 1.284
46 49 1.284
47 45 2.450
FINISH
SPC WATER
NUMMOLS    6000
ATOMS    3
OW       15.9994000  -0.84760000
HW       1.00797000 0.42380000
HW       1.00797000 0.42380000
CONSTRAINTS 3
1 2 1.00
1 3 1.00
2 3 1.63299
FINISH
VDW    8
Ca2+ Ca2+ LJ 0.450000000  2.3610000
Ca2+ OW    LJ 0.00100000 3.2500000
OW    OW    LJ 0.0070576 3.16435
Ca2+ OCa    buck  3161.6335 0.271511    0.0000
Ca2+ CCa    buck  120000000.0  0.120000    0.0000
OCa    OCa    buck  63840.199 0.198913 27.899008
OCa    OW    buck  12534.455133 0.215172 12.090225
OCa    HW    buck  396.320957 0.230006    0.000000
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恳请各位大贤帮小弟分析下我计算如此缓慢的原因，小弟将万分感激！！

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