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小小刘亚男

金虫 (小有名气)

[求助] vmd搭水盒子问题

我用VMD 搭溶质的水盒子,用的是solvate的命令,但是生成的盒子是长方体而不是正方体,很是疑惑有没有其他命令可以写。求各位帮助。
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb,表示生成的盒子,就水而言,它的长度是10埃,但是算上溶质,边长就不能保持一样,因为溶质有大小。
求大神们帮忙,有没有其他命令。。。
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