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小小刘亚男

金虫 (小有名气)

[求助] vmd搭水盒子问题

我用VMD 搭溶质的水盒子,用的是solvate的命令,但是生成的盒子是长方体而不是正方体,很是疑惑有没有其他命令可以写。求各位帮助。
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb,表示生成的盒子,就水而言,它的长度是10埃,但是算上溶质,边长就不能保持一样,因为溶质有大小。
求大神们帮忙,有没有其他命令。。。
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石头258

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by 小小刘亚男 at 2014-06-06 16:26:09
我用VMD 搭溶质的水盒子,用的是solvate的命令,但是生成的盒子是长方体而不是正方体,很是疑惑有没有其他命令可以写。求各位帮助。
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb,表示生成的盒子,就水而言,它的长度 ...

建立溶质的一个长方体盒子,只需要这行命令吗?我的怎么显示不出来盒子?

发自小木虫Android客户端
2楼2017-03-30 07:43:40
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流星Xsq

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 石头258 at 2017-03-30 07:43:40
建立溶质的一个长方体盒子,只需要这行命令吗?我的怎么显示不出来盒子?
...

您好,遇到同样问题,请问您现在解决了吗?正确命令是什么?求告知,谢谢!
3楼2018-10-24 09:55:01
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