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yelverxm

金虫 (小有名气)

[交流] [求助]autodock中配体原子类型超过6种不能运行?

向大家请教,我在使用autodock过程中,其中一个配体的原子类型有七种了,然后运行提示原子类型超过6,运行错误。主要那个配体含有F,N,S等多种原子。

在这种情况下,该如何调整设置啊?

谢谢
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In God we trust
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wjmed

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
suntao1982(金币+3,VIP+0):欢迎长来计算模拟版!
1、编译autodock3/4前,编辑autodock/autocomm.h,修改下面的数值:
        #define MAX_MAPS     14  
        #define ATOM_MAPS    12  
注:
        MAX_MAPS:Maximum number of energy maps.(默认8)
        ATOM_MAPS:Number of atomic affinity grids.(默认6)

2、编译AutoGrid3之前,编辑autogrid/autocomm.h,修改下面的数值:
        #define MAX_MAPS     14  
        #define ATOM_MAPS    12  
注:
        MAX_MAPS:Maximum number of energy maps.(默认8)
        ATOM_MAPS:Number of atomic affinity grids.(默认6)

3、autogrid4的编译,不需要修改。
Timeandtidewaitsfornoman!
3楼2008-04-01 08:04:03
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whitewatercn

银虫 (小有名气)

★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):欢迎常来计算模拟版!
修改几行源代码,重新编译一下即可,

详细信息到autodock的主页上去找,或者查查 autodock mailling list. 建议做autodock之前先花几天时间仔细看看上面的内容,别人都碰到什么问题,如何解决的.
2楼2008-03-28 11:34:42
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