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小兵ai石头

铜虫 (初入文坛)

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专业: 色谱分析

[求助] 在Linux上运行NAMD总是意外中断且不报错

我是分子模拟初学者。

在Linux上运行NAMD，总是会意外中断，查看.log文件也没发现报错，温度也正常；用VMD查看体系也没有爆开。
我用restart文件接着跑，过几个小时后又会断了，还是不报错。

另外，我跑的多个NAMD程序经常都在同一时间断开。由于是后台运行，所以应该可以排除断网的原因。

有没有虫友知道可能是什么原因导致的啊？可能是配置文件的问题吗（多个NAMD程序的配置文件相似）？
希望知道的虫友帮帮我吧！！

在这里把配置文件贴上：
##################################################
# MD SECTION
##################################################

numsteps          5000000
set temperature    298

# INPUT FILES
structure       ../../2-common/bcdsfla_wb.psf
coordinates       ../../2-common/bcdsfla_wb.pdb

firsttimestep    0
set inputname    emeq_s
binCoordinates    ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.coor
binVelocities    ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.vel  ;# remove the "temperature" entry if you use this!
extendedSystem    ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.xsc
set outputname    abf_00
#temperature    $temperature

# FORCE FIELD
parameters       ../../2-common/fla_parm.inp
parameters       ../../2-common/aglc_parm.inp
paraTypeCharmm    on

# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
switching          on
switchdist          12.0
cutoff             14.0
pairlistdist       15.0
hgroupcutoff       2.8

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 35.0 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0  35.0 0.0
cellBasisVector3    0.0 0 50.0
cellOrigin       0.132  -0.145  -2.452
wrapAll          on
margin             3

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSpacing    1.0

# Constant Temperature Control
langevin          on
langevinDamping    1    ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes                ;# needed for rigidBonds

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325          ;# in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0             ;# fs!
langevinPistonDecay 50.0             ;# fs!
langevinPistonTemp $temperature

# Integrator Parameters
timestep          2.0
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10
splitpatch       hydrogen                # how to assign atoms to patches

#Constraints and Restraints
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
rigidtolerance    0.000001
rigiditerations    400
rigiddieonerror    on

fixedAtoms          on
fixedAtomsFile    ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/fixedatoms_s.pdb
fixedAtomsForces    off
fixedAtomsCol       B

constraints       on
consexp             2
consref             ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb
conskfile          ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb
conskcol          B

selectConstraints on             ;# restrain the positions of atoms to plane or a line in space
selectConstrX       on
selectConstrY       on
selectConstrZ       off

# OUTPUT FILES                               #！
outputname          abf_00_0
restartname       abf_00
dcdFile             abf_00.dcd

binaryoutput       no
binaryrestart       yes

outputenergies    500
outputtiming       500
outputpressure    500
restartfreq       500
XSTFreq             500
dcdFreq             500

##################################################
# ABF SECTION
##################################################

colvars             on
colvarsConfig       distance.in

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