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在Linux上运行NAMD总是意外中断且不报错
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我是分子模拟初学者。 在Linux上运行NAMD，总是会意外中断，查看.log文件也没发现报错，温度也正常；用VMD查看体系也没有爆开。 我用restart文件接着跑，过几个小时后又会断了，还是不报错。  另外，我跑的多个NAMD程序经常都在同一时间断开。由于是后台运行，所以应该可以排除断网的原因。 有没有虫友知道可能是什么原因导致的啊？可能是配置文件的问题吗（多个NAMD程序的配置文件相似）？ 希望知道的虫友帮帮我吧！！ 在这里把配置文件贴上： ################################################## # MD SECTION ################################################## numsteps 5000000 set temperature 298 # INPUT FILES structure ../../2-common/bcdsfla_wb.psf coordinates ../../2-common/bcdsfla_wb.pdb firsttimestep 0 set inputname emeq_s binCoordinates ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.coor binVelocities ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.xsc set outputname abf_00 #temperature $temperature # FORCE FIELD parameters ../../2-common/fla_parm.inp parameters ../../2-common/aglc_parm.inp paraTypeCharmm on # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 switching on switchdist 12.0 cutoff 14.0 pairlistdist 15.0 hgroupcutoff 2.8 # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 35.0 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 35.0 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 50.0 cellOrigin 0.132 -0.145 -2.452 wrapAll on margin 3 # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # Constant Temperature Control langevin on langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 ;# fs! langevinPistonDecay 50.0 ;# fs! langevinPistonTemp $temperature # Integrator Parameters timestep 2.0 nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 splitpatch hydrogen # how to assign atoms to patches #Constraints and Restraints rigidBonds all ;# needed for 2fs steps rigidtolerance 0.000001 rigiditerations 400 rigiddieonerror on fixedAtoms on fixedAtomsFile ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/fixedatoms_s.pdb fixedAtomsForces off fixedAtomsCol B constraints on consexp 2 consref ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb conskfile ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb conskcol B selectConstraints on ;# restrain the positions of atoms to plane or a line in space selectConstrX on selectConstrY on selectConstrZ off # OUTPUT FILES #！ outputname abf_00_0 restartname abf_00 dcdFile abf_00.dcd binaryoutput no binaryrestart yes outputenergies 500 outputtiming 500 outputpressure 500 restartfreq 500 XSTFreq 500 dcdFreq 500 ################################################## # ABF SECTION ################################################## colvars on colvarsConfig distance.in |
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