| 查看: 701 | 回复: 3 | ||
[求助]
在Linux上运行NAMD总是意外中断且不报错
|
|
我是分子模拟初学者。 在Linux上运行NAMD，总是会意外中断，查看.log文件也没发现报错，温度也正常；用VMD查看体系也没有爆开。 我用restart文件接着跑，过几个小时后又会断了，还是不报错。  另外，我跑的多个NAMD程序经常都在同一时间断开。由于是后台运行，所以应该可以排除断网的原因。 有没有虫友知道可能是什么原因导致的啊？可能是配置文件的问题吗（多个NAMD程序的配置文件相似）？ 希望知道的虫友帮帮我吧！！ 在这里把配置文件贴上： ################################################## # MD SECTION ################################################## numsteps 5000000 set temperature 298 # INPUT FILES structure ../../2-common/bcdsfla_wb.psf coordinates ../../2-common/bcdsfla_wb.pdb firsttimestep 0 set inputname emeq_s binCoordinates ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.coor binVelocities ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/$inputname.restart.xsc set outputname abf_00 #temperature $temperature # FORCE FIELD parameters ../../2-common/fla_parm.inp parameters ../../2-common/aglc_parm.inp paraTypeCharmm on # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 switching on switchdist 12.0 cutoff 14.0 pairlistdist 15.0 hgroupcutoff 2.8 # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 35.0 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 35.0 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 50.0 cellOrigin 0.132 -0.145 -2.452 wrapAll on margin 3 # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # Constant Temperature Control langevin on langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 ;# fs! langevinPistonDecay 50.0 ;# fs! langevinPistonTemp $temperature # Integrator Parameters timestep 2.0 nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 splitpatch hydrogen # how to assign atoms to patches #Constraints and Restraints rigidBonds all ;# needed for 2fs steps rigidtolerance 0.000001 rigiditerations 400 rigiddieonerror on fixedAtoms on fixedAtomsFile ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/fixedatoms_s.pdb fixedAtomsForces off fixedAtomsCol B constraints on consexp 2 consref ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb conskfile ../../3-emeqmd/sflabcd-cenC4/consref_s.pdb conskcol B selectConstraints on ;# restrain the positions of atoms to plane or a line in space selectConstrX on selectConstrY on selectConstrZ off # OUTPUT FILES #！ outputname abf_00_0 restartname abf_00 dcdFile abf_00.dcd binaryoutput no binaryrestart yes outputenergies 500 outputtiming 500 outputpressure 500 restartfreq 500 XSTFreq 500 dcdFreq 500 ################################################## # ABF SECTION ################################################## colvars on colvarsConfig distance.in |
回复此楼» 猜你喜欢
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有3人回复
-
基底STO,薄膜SRO，XRD里面的振荡，是laue震荡还是kiessig振荡? 怎么判断？
已经有2人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有259人回复
-
B区学生调剂-兰州交通大学材料科学与工程学院
已经有12人回复
-
山西大同大学物理学专业还有调剂名额，欢迎调剂！
已经有13人回复
-
桂林理工大学物理学专业招收调剂
已经有13人回复
-
VASP 的一组 GPU / CPU 基准测试记录
已经有0人回复
-
美国顶级物理期刊《应用物理快报》（APL）的编辑欺骗和歧视作者及AIP的官僚主义傲慢
已经有7人回复
-
津理工大学晶体材料全国重点实验室刘红军教授课题组招收博士生一名
已经有0人回复
-
【原创讨论】从电子约束到物质编辑：一套可迭代的环形磁场科技树
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2014-06-04 10:38:39
3楼2014-10-28 11:39:18
4楼2016-04-10 16:01:36
