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[有奖交流］autodock的使用
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刚安装好ADT，运行了一下tutorial，不过感觉还很模拟，不知如何下手，有几个问题想向各位咨询一下： （1）配体的位置的放置与盒子是什么关系，配体是不是可以放在任意位置，都可以对接到受体上去 （2）对于一个受体，在进行对接的时候，是不是一定要指定柔性残基，那么该如何指定捏？ （3）受体与配体的初始位置关系有什么限制吗，怎么限制？ 望高手予以指点。 [ Last edited by yangcao on 2008-3-18 at 16:13 ] |
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2楼2008-03-18 19:33:15
3楼2008-03-19 08:11:25
weishenme
金虫 (小有名气)
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- 专业: 生物大分子结构与功能
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yangcao(金币+2,VIP+0):很详细，也很全面，非常感谢！
csfn(金币+5,VIP+0):thanks
yangcao(金币+2,VIP+0):很详细，也很全面，非常感谢！
csfn(金币+5,VIP+0):thanks
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就我的理解讲一下， (1)配体是可以随便放的，它被对接到什么位置是由你说的盒子决定的。所以如果你知道结合位点，你就把盒子的中心放在结合位点的中心，大小根据你的配体确定，让配体在三维方向都能自由伸展。如果你不知道结合位点，而且受体不是太大，你就把盒子中心放在受体中心，大小把整个受体包含进去。如果受体很大可以分区进行。 (2)受体不必须指定柔性残基，尤其是结合位点未知时，你也不知道指定那些残基为柔性残基。指定柔性残基后计算量会增加好多。 (3)受体与配体的初始位置应该没有什么限制。关键还是你说的盒子的位置。autogrid根据你的盒子的位置大小和配体以及受体的原子类型来生成grid maps。 [ Last edited by weishenme on 2008-3-19 at 14:10 ] |
4楼2008-03-19 14:08:48
