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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [有奖交流］autodock的使用
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yangcao

金虫 (小有名气)

[交流] [有奖交流］autodock的使用

刚安装好ADT，运行了一下tutorial，不过感觉还很模拟，不知如何下手，有几个问题想向各位咨询一下：
（1）配体的位置的放置与盒子是什么关系，配体是不是可以放在任意位置，都可以对接到受体上去
（2）对于一个受体，在进行对接的时候，是不是一定要指定柔性残基，那么该如何指定捏？
（3）受体与配体的初始位置关系有什么限制吗，怎么限制？

望高手予以指点。

[ Last edited by yangcao on 2008-3-18 at 16:13 ]
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1楼 2008-03-18 16:11:00
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youmufeng

铁虫 (小有名气)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):感谢！
使用 autodock 最好在官方网站上注册一下用户，上面有很多高人交流，能学到很多东西。自己也可以提交问题，有高人为你解答
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2楼2008-03-18 19:33:15
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yangcao

金虫 (小有名气)
我 自己注册过 也下载了 也看了一下 感觉看的不大明白呀
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3楼2008-03-19 08:11:25
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weishenme

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yangcao(金币+2,VIP+0):很详细，也很全面，非常感谢！
csfn(金币+5,VIP+0):thanks
就我的理解讲一下，
(1)配体是可以随便放的，它被对接到什么位置是由你说的盒子决定的。所以如果你知道结合位点，你就把盒子的中心放在结合位点的中心，大小根据你的配体确定，让配体在三维方向都能自由伸展。如果你不知道结合位点，而且受体不是太大，你就把盒子中心放在受体中心，大小把整个受体包含进去。如果受体很大可以分区进行。
(2)受体不必须指定柔性残基，尤其是结合位点未知时，你也不知道指定那些残基为柔性残基。指定柔性残基后计算量会增加好多。
(3)受体与配体的初始位置应该没有什么限制。关键还是你说的盒子的位置。autogrid根据你的盒子的位置大小和配体以及受体的原子类型来生成grid maps。

[ Last edited by weishenme on 2008-3-19 at 14:10 ]
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4楼2008-03-19 14:08:48
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yangcao

金虫 (小有名气)
谢谢weisheme的解答，还想问一个问题，就是如果不选择柔性残基，整个受体是刚性的 那么其分子上的键都不能转动，怎么和配体进行对接呢？
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5楼2008-03-19 20:17:56
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weishenme

金虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版！
配体是柔性的，让配体适应受体。
你在确定结合位点后可以指定你认为重要的残基为柔性的，可以由粗到细一步一步来。
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6楼2008-03-20 09:57:14
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
如果想要精度更好一些的话，还是把lig放在口袋附近！
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7楼2008-05-30 22:02:42
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547star

木虫 (著名写手)
怎么放lig到口袋?我对这个操作不熟悉,能说说吗?
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为什么
8楼2008-05-31 15:58:39
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acdmail1

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2008-5-30 22:02:
如果想要精度更好一些的话，还是把lig放在口袋附近！

这个说法不准确，其实定义了BOX位置，包含了口袋以后，lig在对接是，程序会自动把它调入到口袋中进行相关计算的。精度更好是需要你对BOX的大小，以及其它迭代参数进行设置了才能做到的。
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9楼2008-06-07 04:38:21
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两个人

铜虫 (小有名气)
弱弱的问一下
大家所讨论的也适用于包合物的模拟吧
新手上路请多多指教
谢谢
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10楼2008-06-08 10:29:27
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