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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何使用Mege4建立系统进化树
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美丽的家园

金虫 (正式写手)

[求助] 如何使用Mege4建立系统进化树 已有3人参与

从ncbi下载与要鉴定的物种相似的序列用记事本保存为fasta格式，Mege却没办法查找到这些文档，故而打不开。具体该如何使用操作，望赐教
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shiyanjishu

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1楼 2014-05-24 00:07:43
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woaixiaopei

铜虫 (初入文坛)
我也想学学~

[ 发自小木虫客户端 ]
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志存高远把握当下永不气馁鹏程万里
2楼2014-05-24 00:09:02
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
美丽的家园: 金币+5 2014-05-25 18:41:06
先用clustalX进行序列比对，会产生一个.phd的文件，用mega打开这个文件就可以了
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2014-05-24 20:50:37
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
美丽的家园: 金币+5, ★有帮助 2014-05-25 18:32:15
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-25 20:05:36
因为fasta只是普通的序列格式，而MEGA需要的是多序列比对文件，最常用的就是clustal系列进行这个转换，clustalx是带图形界面的，而clustalw是命令行，随便你选
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4楼2014-05-25 00:08:58
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美丽的家园

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2014-05-25 00:08:58
因为fasta只是普通的序列格式，而MEGA需要的是多序列比对文件，最常用的就是clustal系列进行这个转换，clustalx是带图形界面的，而clustalw是命令行，随便你选

MEGA建立的进化发育树树枝上成了系统名，而非菌株名，是什么原因。并且比对的结果是与未培养真菌（gi|608792790|gb|KJ179983.1| Uncultured eukaryote clone NS1T_29）高度相似，该如何给这株菌定义。次接近的是枝孢属（gi|530341687|gb|KF367474.1| Cladosporium sp. 1 BRO-2013）。不知道是要自己给这株菌命名，还是怎样？
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5楼2014-05-25 18:40:49
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美丽的家园

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2014-05-24 20:50:37
先用clustalX进行序列比对，会产生一个.phd的文件，用mega打开这个文件就可以了

谢谢，能否问一下mega现在是否是自动连接到系统名，而非菌株名，不能修改
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6楼2014-05-25 18:43:42
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laneldarye

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼上说的clustalX比对再mega是对的
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7楼2014-08-10 12:35:36
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