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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 有什么算法可以从MOL2文件中识别出芳香环
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埃菲尔great

铁虫 (初入文坛)

[求助] 有什么算法可以从MOL2文件中识别出芳香环 已有3人参与

目前正在写一个程序，想要识别一个分子中所有芳香环的位置和他们对应的原子。分子是以MOL2格式保存的。
我想肯定有成熟的算法完成这个工作，但没能搜索到。
所以来问一下。
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科研
1楼 2014-05-20 21:59:00
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埃菲尔great

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by smutao at 2014-05-21 13:22:37
试试smiles格式
用babel先转换

对我试过SMILES，但是还是搞不出来，主要的问题在相连的环上。我是物理出身搞不懂这些
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科研
7楼2014-05-22 22:08:42
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-05-30 19:28:14
貌似VMD 就能识别mol2文件吧？
如果可以，还要啥程序啊，直接VMD 就可以搞定。
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2楼2014-05-20 23:01:53
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埃菲尔great

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-05-20 23:01:53
貌似VMD 就能识别mol2文件吧？
如果可以，还要啥程序啊，直接VMD 就可以搞定。

VMD识别了只能肉眼看，我想批量自动处理出来用来做接下来的研究
赞一下 回复此楼
科研
3楼2014-05-21 00:38:55
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:28:21
找个二维相似性算法或者程序一筛就出来了，或者用pipeline
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我们在为了文章而搞科研
4楼2014-05-21 09:00:32
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查看全部 8 个回答
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