应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 有什么算法可以从MOL2文件中识别出芳香环
51/1返回列表
查看: 1177  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

埃菲尔great

铁虫 (初入文坛)

[求助] 有什么算法可以从MOL2文件中识别出芳香环 已有3人参与

目前正在写一个程序，想要识别一个分子中所有芳香环的位置和他们对应的原子。分子是以MOL2格式保存的。
我想肯定有成熟的算法完成这个工作，但没能搜索到。
所以来问一下。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
科研
1楼 2014-05-20 21:59:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

埃菲尔great

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by smutao at 2014-05-21 13:22:37
试试smiles格式
用babel先转换

对我试过SMILES，但是还是搞不出来，主要的问题在相连的环上。我是物理出身搞不懂这些
赞一下 回复此楼
科研
7楼2014-05-22 22:08:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-05-30 19:28:14
貌似VMD 就能识别mol2文件吧？
如果可以，还要啥程序啊，直接VMD 就可以搞定。
赞一下 回复此楼
2楼2014-05-20 23:01:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

埃菲尔great

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-05-20 23:01:53
貌似VMD 就能识别mol2文件吧？
如果可以，还要啥程序啊，直接VMD 就可以搞定。

VMD识别了只能肉眼看，我想批量自动处理出来用来做接下来的研究
赞一下 回复此楼
科研
3楼2014-05-21 00:38:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:28:21
找个二维相似性算法或者程序一筛就出来了，或者用pipeline
赞一下 回复此楼
我们在为了文章而搞科研
4楼2014-05-21 09:00:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +14 enenenhui 2026-03-13 15/750 2026-03-19 21:53 by allen-yin
[考研] 271材料工程求调剂 +6 .6lL 2026-03-18 6/300 2026-03-19 15:41 by haoshis
[考研] 化学求调剂 +3 临泽境llllll 2026-03-17 4/200 2026-03-19 13:59 by houyaoxu
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 304求调剂 +6 司空. 2026-03-18 6/300 2026-03-18 23:03 by 星空星月
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-17 7/350 2026-03-18 20:41 by Wangjingyue
[考研] 一志愿西南交大，求调剂 +4 材化逐梦人 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:22 by 007_lilei
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考博] 环境领域全国重点实验室招收博士1-2名 +3 QGZDSYS 2026-03-13 5/250 2026-03-18 11:13 by QGZDSYS
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 机械专硕325，寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 080500，材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭