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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 测序
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Renjingyu

金虫 (小有名气)

[求助] 测序已有2人参与

cdna作pcr然后测序''，竟然测到了一部分内含子序列，是怎么回事？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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即将加入研究生的大军，迷茫！
1楼2014-05-20 12:53:24
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jonew

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-05-20 13:15:02
cDNA含有基因组DNA污染，引物设计的时候没有在外显子节点处设计，就能以gDNA为模板，扩增出相应的片段

那样子的话 目标条带会不会大很多呢？
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借口很贱，，，
3楼2014-05-20 14:54:54
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zhangyunjing

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-20 13:30:32
cDNA含有基因组DNA污染，引物设计的时候没有在外显子节点处设计，就能以gDNA为模板，扩增出相应的片段
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rainwater
2楼2014-05-20 13:15:02
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zhangyunjing

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-20 18:08:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by jonew at 2014-05-20 14:54:54
那样子的话 目标条带会不会大很多呢？...

这就看你的引物是怎么设计的了，如果正反向引物在同一个外显子上，扩增出的条带是一样大的，如果一条引物在一个外显子上，另外一条在另一个外显子上，就要看两个外显子之间的内含子长度了，内含子长度越长，扩增的条带就越大。可以将你的引物在primer blast中进行特异性比对，看看以gDNA为模板和mRNA为模板，分别扩增的条带是多大，另外，设计引物时引物跨外显子可以消除gDNA的扩增。
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rainwater
4楼2014-05-20 15:00:56
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Renjingyu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-05-20 15:00:56
这就看你的引物是怎么设计的了，如果正反向引物在同一个外显子上，扩增出的条带是一样大的，如果一条引物在一个外显子上，另外一条在另一个外显子上，就要看两个外显子之间的内含子长度了，内含子长度越长，扩增的 ...

引物设计到了不同的外显子上，内含子全长126bp，最后只扩增出来29bp
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即将加入研究生的大军，迷茫！
5楼2014-05-21 08:19:30
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